17 декабря 2003 года в городском суде Санкт-Петербурга начался процесс, в основе которого лежало одно из самых громких преступлений прошлого века — убийство депутата Государственной думы РФ второго созыва Галины Старовойтовой. Причем и обвинение и защита настаивали, чтобы дело рассматривал суд присяжных, но еще до начала рассмотрения дела по существу — 19 декабря — горсуд отказал им в этом. В тот же день бывший помощник Старовойтовой, лидер петербургского отделения партии «Демократическая Россия» Р. Линьков направил в средства массовой информации следующее заявление: «Судебный процесс по делу об убийстве Галины Васильевны Старовойтовой еще не успел толком начаться, а «заказчики» террористического акта против лидера демократических сил России, которые так и не оказались на скамье подсудимых, готовятся к новому преступлению, но теперь уже против российского правосудия. Как известно, на первых заседаниях суда адвокаты обвиняемых неоднократно заявляли «отвод судье» Валентине Кудряшовой. Не добившись желаемого результата легальным путем, находящиеся в тени авторы политического убийства, используя свое должностное положение и властные полномочия, планируют путем давления на суд и государственное обвинение добиться желаемого для себя результата процесса и замены судьи. Эти шаги «заказчиков» подпадают под действие Уголовного кодекса страны, нарушают конституционный принцип независимости суда и являются преступлением против государственного строя и демократии».
10 и 11 марта 2004 года в суде были заслушаны свидетели обвинения — помощники убитого депутата, рассказавшие о поступавших угрозах в адрес Галины Васильевны Старовойтовой в ходе ее политической деятельности. Руслан Линьков передал следствию ряд документов, которые, по его мнению, могут пролить свет на некоторые обстоятельства и мотивы этого преступления. Документы касаются депутатских расследований Старовойтовой финансовой деятельности Российской академии национальной безопасности, РАО «В СМ», заявочного Олимпийского комитета-2004, комиссии по проверке итогов приватизации в Санкт-Петербурге ГТРК «Петербург-5 канал», а также использования кредитов западных банков в северной столице. Как сообщил Линьков, эти документы содержат сведения о коррупции, многочисленных хищениях в особо крупных размерах и злоупотреблениях служебным положением в органах государственной власти России и Петербурга. Линькову также известно, что Старовойтова собиралась предать огласке собранные ею сведения и привлечь к их проверке правоохранительные органы, однако не успела. В ходе дачи показаний Руслан Линьков опознал в подсудимом Виталии Акишине человека, который стрелял в Старовойтову. По его словам, нападавших было двое, и лицо Акишина он хорошо рассмотрел в свете вспышки от выстрела.
На следующих заседаниях суда были рассмотрены различные ходатайства сторон и оглашено обвинительное заключение. В ходе слушаний 24–27 февраля был проведен допрос части свидетелей (со стороны обвинения заявлено 60 свидетелей, со стороны защиты — 6 человек). Суду пришлось продлить срок содержания под стражей шести подсудимых, так как он истекал 31 августа. Также в ходе заседания один из адвокатов обвиняемого Юрия Колчина — Александр Сафронов — заявил очередное (четвертое) ходатайство об отводе судьи. Ходатайство было отклонено, поскольку не было представлено никаких новых аргументов по сравнению с предыдущими ходатайствами, оставшимися без удовлетворения.
В последнем слове пятеро подсудимых, за исключением Воронина, признавшего себя полностью виновным, попросили суд вынести оправдательный приговор. Единственный из подсудимых, признавший свою вину — Воронин, — в последнем слове попросил прощения у потерпевших и обратился к суду с просьбой проявить снисхождение и назначить ему условное наказание. «В начале процесса я признавал свою вину частично, — сказал на заседании суда Воронин. — Сейчас я признаю ее полностью». В начале слушания дела он признал только незаконную слежку за Старовойтовой, а теперь признался в пособничестве в уничтожении улик ее убийства. Именно на показаниях Воронина, который отказался от участия в прениях, и еще одного свидетеля, чье имя не раскрывалось, было построено обвинение по делу об убийстве депутата.