Дон Хуан Австрийский прибыл в Мессину 24 августа, совершив переход из Неаполя за двое суток. Сделав смотр флотам, он разработал организацию сил и дал подробные инструкции относительно походного и боевого строя. В бою 200 галер должны были развернуться в строй фронта на ширину около 5 миль, причем так плотно, чтобы между судами не могли пройти неприятельские галеры. Расстояние между эскадрами составляло четыре ширины галер. 6 венецианских галеасов дон Хуан намеревался выстроить впереди галер и разместить на них по 100 аркебузиров. Эскадры различались цветом вымпелов (синий, зеленый, желтый и белый – для резерва). В походе дозор выдвигали вперед на 20 миль днем и на 8 – ночью. Арьергард держался в миле от главных сил. Был назначен начальник тыла для помощи отстающим судам; эту должность по очереди выполняли командиры арьергарда. Галеасы составляли отдельный отряд, а грузовые нефы были выделены из построения, чтобы не задерживать перемещений.
26 сентября соединенный флот прибыл на остров Корфу. Узнав от высланных на разведку галер о том, что турки отделили 60 галер, дон Хуан хотел этим воспользоваться. 30 сентября флот перешел в бухту Коменица. Отправив людей на берег за провиантом, главнокомандующий развернул галеры вдоль берега носами в сторону входа в бухту; галеасы оберегали этот вход, а в море дежурили патрульные суда. Дон Хуан знал, что турки в Лепанто, хотя и не знал их численность. С другой стороны, турецкие разведывательные суда преуменьшили численность союзников. На турецком военном совете некоторые предлагали Али-паше отказаться от боя и идти в Дарданеллы, рассчитывая, что осенью союзники к проливам не пойдут. Турецкий флот уже давно находился в море, был ослаблен рядом сражений против береговых укрепленных пунктов, не хватало абордажных войск. Но молодой турецкий главнокомандующий, игнорируя трудности, решил выполнить приказ султана.
3 октября 1571 года союзники вышли из Коменицы и 4 октября заняли порт Петала в заливе Аспро-Потамос. Турецкий флот тем временем вышел из Лепанто и 6 октября перешел в бухту Галата.
Бой состоялся 7 октября 1571 г. у мыса Скрофа при входе в Патрасский залив Ионического моря.
В составе союзного флота в битве участвовало 207 галер и 6 галеасов[74]. У турок было 210 галер и 66 галиотов[75]. Качественные преимущества были на стороне союзников: турецкая артиллерия по тактико-техническим данным уступала артиллерии союзного флота; на вооружении турок находились только 2500 аркебуз, у остальных же были луки и не было достаточного защитного снаряжения. У союзников же все солдаты имели огнестрельное оружие и защитное снаряжение. На каждом из турецких судов число солдат не превышало 40 человек, у союзников на каждой галере находилось не менее 150 солдат. Всего с обеих сторон на кораблях находилось около 80 тысяч человек, включая гребцов.
Боевой порядок турок традиционно имел форму полумесяца и состоял из центра, двух крыльев и небольшого резерва (5 галер, 25 галиотов). На правом фланге находилось 53 галеры и 3 галиота под командованием короля Александрии (османского наместника) Мехмет-Сирок-бея (Сирокко). Сильный центр (91 галера, 5 галиотов) возглавлял Али-паша, а левое крыло (61 галера, 32 галиота) – алжирский король Улуг Али (и Сирокко, и Улуг Али активно занимались пиратской деятельностью).
У союзников центром в составе 62 галер командовал сам дон Хуан, правое крыло во главе с генуэзцем Дориа состояло из 58 галер, левое во главе с венецианцем Барбариго – из 53 галер. Резерв составили 30 галер под командованием маркиза Санта-Круса. Галеасы, располагавшие сильной артиллерией и большим количеством солдат, как и предполагалось, выдвинулись вперед (по два перед каждым флангом).
Бой начался в 11–12 часов дня с развертывания флота союзников. Правое крыло союзников под командованием Дориа ушло далеко вперед и оторвалось от центра, а 8 галер резерва сицилийского капитана Кардона, наоборот, отстали от него и таким образом присоединились к резерву адмирала Санта-Круса.
Дон Хуан приказал расковать гребцов-христиан и вручить им оружие. Сам же в это время на шлюпке с поднятым крестом в руке проходил вдоль линии судов, стремясь поднять моральный дух команд обещанием от имени папы отпущения грехов.
После этого галеасы центра и левого крыла вышли вперед. Ветер стих, наступил штиль. Дон Хуан возвратился на флагманскую галеру и поднял сигнал «к бою» (зеленый квадратный флаг на мачте). Турки и союзники двинулись навстречу друг другу. Сразу возникло три очага сражения.
Огонь с галеасов, направленный на галеры Али-паши, вызвал первоначально замешательство, но турецкий главнокомандующий личным примером восстановил порядок. Турецкие галеры прошли мимо галеасов, которые в бою более участия не принимали.