30 августа 1803 года Жорж Кадудаль и несколько шуанских вождей тайно прибыли в Париж. Сначала они намеревались поднять при содействии Моро военный мятеж в столице. Убедившись, что осуществить этот план невозможно, решили напасть на первого консула на улице с отрядом, равным количественно его свите, с целью убить или похитить его. В случае удачи покушения граф д'Артуа и герцог Беррийский должны были высадиться во Франции.
Излишне говорить, что вся эта операция проводилась под контролем консульской полиции, и Фуше знал о каждом шаге заговорщиков. Полиция до времени не мешала развитию заговора, желая захватить Моро и принцев «с поличным».
Кадудаль, самый осторожный из заговорщиков, ни одной ночи не провёл дважды в одном доме. Охота за ним длилась несколько месяцев. С разрешения Наполеона Фуше сформировал подвижные колонны, которые прочёсывали районы, где мог скрываться Кадудаль.
Министерство полиции к тому времени уже имело картотеку, содержащую более тысячи досье на особенно опасных роялистов. Она носила название «шуанская география». Хотя тот факт, что о заговоре было известно полиции, содержался в глубокой тайне, Фуше всё же приказал арестовать и допросить нескольких шуанов, участвующих в заговоре. Один из них, Буве де Лозье, показал, что во Францию приехал Пишегрю и 28 января 1804 года состоялась встреча Моро, Пишегрю и Кадудаля. Моро, хотя и сочувствовал заговорщикам, отказался помогать им, и собеседники расстались, не придя к соглашению.
Ещё один арестованный шуан сообщил адреса конспиративных квартир, используемых вождями заговора. На одной из них задержали слугу Кадудаля. На допросе под пыткой он выдал адреса, где мог скрываться Кадудаль. В результате его удалось схватить. Вслед за ним арестовали и Пишегрю.
Хотя показания задержанных обеляли Моро, Бонапарт велел арестовать и его, как сообщника убийц-шуанов. Газеты поливали генерала грязью.
Узнав о провале заговора, ни граф д'Артуа, ни герцог Беррийский не высадились во Франции.
Заговорщики были преданы суду. Кадудаля приговорили к смертной казни и гильотинировали. Пишегрю до суда удавился (или его удавили) в тюремной камере. Многие из современников утверждали, что его смерть была делом рук Бонапарта, опасавшегося впечатления, которое могла произвести публичная защита обвиняемого в предстоящем процессе.
Местью Наполеона заговорщикам стал и расстрел герцога Энгиенского, но поскольку хитрый Фуше сумел «самоустраниться» от этой грязной операции, мы об этом эпизоде расскажем в другом очерке.
Из действительных или мнимых участников заговора в живых оставался один генерал Моро. Бонапарт не хотел, чтобы суд над ним выглядел как месть его старому сопернику, и отказался передать дела в военный трибунал. В результате его судил трибунал по уголовным делам. Учитывая смягчающие вину обстоятельства, Моро был приговорён к двухлетнему тюремному заключению, которое Наполеон заменил изгнанием. Он уехал в США, а в 1813 году вернулся в Европу.
Генерал Жан Виктор Моро присоединился к русской армии. 27 августа 1813 года, к концу битвы под Дрезденом, ядро, упавшее посреди главного штаба императора Александра, раздробило Моро оба колена. Умирая и проклиная себя, он воскликнул: «Как! Мне, мне, Моро, умереть среди врагов Франции от французского ядра?!»
Раскрытие и ликвидация заговора подняли авторитет Фуше в глазах Наполеона. В отсутствие императора он иногда фактически правил страной.
Он продолжал руководить полицией и разведкой, ведал агентурой и проводил то, что в разведке называют «активными мероприятиями». Например, во время кампании 1807 года, с целью столкнуть венгерское население с австрийцами, распространил среди венгров газеты, доказывавшие, что Австрия и Англия обманывают их.
Ещё со времени Эрфуртского конгресса 1808 года Фуше вместе с Талейраном втайне строили козни против императора. Эту игру они начинали всякий раз, когда им казалось, что жизнь или судьба императора находится в опасности. Они принимались изыскивать средства, чтобы самим заменить его или заменить другим лицом, или, в случае надобности, устранить его, ускорив его гибель, чтобы успеть самим спастись при крушении империи. Один из таких заговоров они устроили, когда Наполеон отправился в Испанию в 1808 году. Они организовали за кулисами новое правительство, во главе которого должны были стоять оба, а Мюрат лишь формально представлял бы власть.
Меттерних узнал об этом заговоре и сообщил о нём своему правительству, а Наполеону были переданы перехваченные письма. Разгневанный, он вернулся в Париж, но в результате… простил заговорщиков. Однако его терпению пришёл конец, и Наполеон всё же сместил с поста министра полиции такого изобретательного, ловкого и отлично осведомлённого человека, как Фуше. В 1810 году он решил заменить его на туповатого, но исполнительного генерала Рене Савари, герцога Ровиго.
Смена министров не обошлась без скандала, о котором мы расскажем в очерке о Савари, и завершилась письмом Наполеона в адрес Фуше: