Наполеон не начинал ни одной крупной кампании, не располагая, по возможности, наиболее полными сведениями о противнике: его армии, экономическом и людском потенциале, ведущих полководцах и государственных деятелях. Тем не менее постоянной разведывательной службы он не имел. Разведка, как правило, находилась в ведении министра полиции. Наряду с борьбой с врагом внутренним, он занимался борьбой и с врагом внешним. Это вполне объяснимо, так как долгое время главными противниками Бонапарта были якобинцы и эмигранты-роялисты. Именно они устраивали заговоры и покушения. Можно провести некоторую аналогию с послереволюционным периодом в нашей стране, когда главные усилия разведки и контрразведки фокусировались на борьбе с белогвардейской эмиграцией. Даже термин «белый террор» был заимствован у французов. Как видно, это удел каждой крупной революции.
Первым (а впоследствии и последним) министром полиции Наполеона был Жозеф Фуше, герцог Отрантский. Это сложная и противоречивая фигура, двуличный негодяй и предатель. Предав якобинцев, он переметнулся к Наполеону, затем плёл заговоры против него, сам разоблачал их, перешёл на службу к Бурбонам, организовал заговор против них, во время «ста дней» поддержал Наполеона, предал его, снова перешёл к Бурбонам… Удивительно, как Наполеон терпел возле себя такую фигуру. Правда, какое-то время, именно как разведчик и контрразведчик, Фуше приносил пользу Наполеону, борясь с заговорами якобинцев и роялистских эмигрантов. В своём циркуляре от 6 фримера (27 ноября 1799 года) он предал проклятию эмигрантов, которых отечество «навеки извергает из своего лона».
А заговоры и покушения, как настоящие, так и мнимые, не были плодом его фантазии.
24 декабря (3 нивоза) 1800 года, когда Наполеон ехал в карете в Оперу, один из роялистов по имени Сен-Режан, попытался убить его, взорвав бочонок с порохом, спрятанным в тележке. При этом на улице Сен-Юмсез было убито четыре и около шестидесяти человек ранено. Первый консул остался невредим. Обнаружился целый ряд обстоятельств, доказывающих, что покушение было делом рук роялистов, действующих из-за рубежа, но Бонапарт всю вину свалил на республиканцев и подверг их жестоким репрессиям. Несколько жён и вдов республиканцев, в том числе вдовы Марата и Бабёфа, были без суда заключены в тюрьму.
Фуше подхватил «идею» Наполеона о расправе над республиканцами и якобинцами. Пять человек были преданы военному суду по обвинению в принадлежности к воображаемому заговору, организованному, в действительности, полицией, и расстреляны. Ещё четыре обезглавлены позже. Несколько сот республиканцев было сослано в Гвиану, откуда впоследствии вернулись лишь единицы.
Полиция, разведка и контрразведка Фуше действовали повсеместно. Они проникли и в армию, где тоже существовали антинаполеоновские настроения.
Прославленный республиканский генерал Моро не участвовал в заговорах, это подтверждала Фуше крутившаяся вокруг генерала агентура, но сам факт, что этот генерал, выйдя в отставку, был независим, являлся протестом против диктатора.
Главнокомандующий западной армией генерал Бернадотт не скрывал своего недовольства. Агентам Фуше не удалось установить, участвовал ли он в подготовке заговора, но на всякий случай начальник его штаба Симен и адъютант Марбо были арестованы.
Известно ещё несколько заговоров, раскрытых Фуше. Они имели целью покончить с первым консулом путём убийства или насильно навязанной ему дуэли. Важнейшим из них был заговор, в котором приняли участие генералы Донадье и Дельма, полковник Фурнье и другие офицеры. Дельма спасся, а остальные были арестованы.
Бонапарт старался скрыть от общества все эти заговоры (о них стало известно лишь позднее). Поступал он так для того, чтобы и Франция и Европа считали, что народ полностью и безусловно одобряет политику гениального человека, прокладывающего себе путь к престолу.
В 1800–1801 годах повсеместно действовали чрезвычайные трибуналы для борьбы с роялистами и республиканской оппозицией. Однако активность роялистов-эмигрантов, подогреваемая стремлением Англии убрать Наполеона, нисколько не уменьшалась.
Весной 1800 года полиция Фуше вскрыла заговор шуанов (вооружённых сторонников Бурбонов), предполагавших напасть на конвой, сопровождавший Наполеона по пути из Парижа в Мальмезон, и похитить первого консула.
Фуше заслал двух агентов к вождю шуанов Кадудалю, чтобы отравить его. Но Кадудаль оказался весьма проницательным и без труда разоблачил агентов. Обоих повесили на деревьях в назидание другим. Сам Кадудаль почувствовал опасность и бежал в Англию, где продолжал организовывать антинаполеоновские заговоры.