С отъездом императрицы из Москвы и ее указ мало-помалу стал забываться, так что в ноябре 1755 года епархиальное начальство вынуждено было сделать строгое внушение священникам, обязав их хоронить умерших исключительно на Лазаревском кладбище.
В 1771 году в Москве вспыхнула эпидемия чумы, унесшая жизни почти 70 000 человек. В связи с этим бедствием указом Государственного сената от 24 марта 1771 года были отведены особые места за городом для захоронения умерших от чумы, а также места и для скончавшихся от обычных болезней и по старости. К тому же предписывалось «построить на оных кладбищах на первый случай хотя бы небольшие деревянные церкви», и возводились они под наблюдением архитектора В.И. Баженова и члена 2-го департамента Юстиц-коллегии А.И. Дурново. Так были устроены Ваганьковское кладбище с церковью святого Иоанна Милостивого, Дорогомиловское с церковью святой Елизаветы, Калитниковское с церковью Богородицы Всех Скорбящих Радости, Миусское с церковью святой Софии и ее дочерей Веры, Надежды и Любови, Пятницкое с церковью Преподобной Параскевы.[52] Таким образом, можно сказать, что русское законодательство о кладбищах стало действовать только в царствование императрицы Екатерины II, и изложено оно было во врачебном уставе.[53] По русскому законодательству кладбища должны были устраиваться на расстоянии не менее 213 метров от последнего жилья, а в селениях — не ближе, чем на полверсты. Но на практике, особенно с ростом городов, часто приходилось отступать от этих требований.
Лазаревское кладбище сначала было небольшим и небогатым. В 1780 году церковь на нем по ветхости была разобрана, и с этого времени прекратилась выплата казенного жалованья причту. Новую кладбищенскую церковь решил выстроить именитый московский купец Лука Иванович Долгов, родственники которого погребались на этом кладбище. По кончине своей и сам он был погребен под одним из средних столбов церкви, на котором была сделана краткая надпись о его жизни и заслугах.
При церкви по распоряжению Л.И. Долгова было устроено и отделение для бедных, которые содержались на средства его семьи.
После эпидемии чумы некоторое время разрешалось хоронить умерших в Спасо-Андрониковом монастыре, Новодевичьем, Новоспасском, Донском и других, находившихся за Земляным валом. В 1781 году Синодальная контора посчитала, что можно разрешить погребение и в отдаленных церквах Москвы (у Знамения в Переяславской слободе, Тихвинской в Красном селе и других). Князь В.М. Долгоруков, главнокомандующий Москвы, согласился на это, но обер-полицмейстер Н.П. Архипов объявил, что распоряжение следует отменить, так как достаточно дозволения погребать при монастырях, которые находятся за Земляным валом.
После чумы были разобраны и многие церкви (Николаевская в Мыльниках, Саввы Стратилата на Знаменке, Иоакима и Анны близ Пушечного двора на Лубянке, Предтеченская на Ленивке и др.). С устройством городских кладбищ бывшие кладбища при приходских церквах запустели, приходские священники продавали землю, и обширные некогда погосты стали заселяться горожанами. Между тем время сокрушало и могильные памятники, так что каменные надгробия стали использовать для устройства церковных помостов или клали близ церквей как тротуары для пешеходов. Еще в 1775 году митрополит Платон Левшин прекратил продажу этой земли и обязал священников следить за тем, чтобы погосты не застраивались, а сохранялись бы в чистоте и были бы обнесены оградами.
После чумы возникло и Даниловское кладбище, получившее свое название за соседство с одноименной слободой и за близость к Свято-Данилову монастырю. Временную деревянную церковь на нем построил архитектор В.И. Баженов, но сведений о ней не сохранилось. Нынещняя была построена уже в 1832 году Ф.М. Шестаковым. Современная площадь кладбища равняется 35 гектарам, которые поделены на 39 участков.
Рядом с входом на кладбище располагается могила М.З. и А.Д. Третьяковых. Их знаменитые сыновья — Павел и Сергей — сначала тоже были похоронены рядом с родителями, и над их могилой возвышался большой крест под балдахином. Позже прах Павла Михайловича перенесли на Новодевичье кладбище, а Сергея Михайловича — на кладбище Свято-Да-нилова монастыря. Когда монастырское кладбище было закрыто, прах последнего перезахоронили в могилу брата. Теперь на их общей могиле стоит первоначальный памятник.
Даниловское — кладбище купеческого Замоскворечья, и много на нем упокоилось представителей этого сословия. Среди них были и меценаты, например, умерший в 1913 году Лепешкин Семен Васильевич. При жизни он открыл первое бесплатное общежитие для студентов Московского университета, для этого купил дом в Филипповском переулке (ныне ул. Аксакова, 11). Будучи за границей, он узнал о голоде в Москве и выделил крупную сумму денег для организации бесплатных столовых. Рядом с СВ. Лепешкиным похоронена его жена Варвара Яковлевна, основавшая в Москве профессиональное училище, в котором обучали швейному делу. Но до настоящего времени могила супругов не сохранилась.