Не менее таинственной была и кончина супруги императора — императрицы Елизаветы Алексеевны. По официальной версии, она умерла неожиданно, вскоре после кончины супруга, в Белеве Тульской губернии, когда возвращалась из Таганрога в Санкт-Петербург. По другим сведениям, в 1834 году в Тихвине появилась неизвестная странница Вера Александровна, которая выделялась светскими манерами, знанием придворной жизни и иностранных языков. Уже в самом ее имени многие видели намек на происшедшие события: Вера — уход от всего мирского к Богу, Александровна — в память о венценосном супруге своем. С 1840 года она была молчальницей в Новгородском Сырковом монастыре, где и скончалась в 1861 году. Сохранился портрет Веры Александровны в гробу, очень похожий на портрет императрицы Елизаветы Алексеевны. Легенда рассказывает…что смерти (или уходу из мира) императорской четы предшествовали странные события. Например, в октябре 1825 года, незадолго до кончины императора Александра I, в одну из ночей жители Таганрога видели над дворцом две звезды, которые три раза сходились и расходились. А потом одна звезда превратилась в голубя, который сел на другую звезду. Через некоторое время он исчез, а затем постепенно исчезла и вторая звезда.
Ходили слухи и о внезапной смерти императора Николая I, 30 лет железной рукой правившего Россией. Существовало даже мнение, что император отравился, не в силах пережить поражение в Крымской войне. Поражение, несомненно, приблизило смерть Николая I, но сама версия отравления в ученых кругах считается весьма сомнительной, хотя смерти этого императора предшествовал ряд таинственных и загадочных событий.
Великая княгиня Александра Иосифовна, невестка Николая I, рассказывала, что незадолго до кончины царя в его загородном доме в Гатчине ей и князю А.И. Барятинскому показался белый призрак. За несколько дней до смерти императора видение повторилось уже в Зимнем дворце, а в последние дни жизни императора большая черная птица, которая встречается только в Финляндии и считается там предвестницей зла, каждое утро прилетала и садилась на телеграфный аппарат, находившийся на башенке над комнатой, где позже умер Николай I. Часового посылали прогонять птицу, и тогда она улетела к шпицу Петропавловского собора и исчезла. Но через 26 лет такая же птица вновь появилась в Зимнем дворце, и через несколько дней от бомбы террористов погиб Александр П.
Празднование всех исторических событий, связанных с жизнью того или иного монарха, всегда сопровождалось возложением даров, которые устанавливались на их монументах. Вместе с реликвиями, хранившимися на надгробиях с момента погребения императоров, они составляли сокровищницу Петропавловского собора. Больше всего таких реликвий украшало гробницу Петра I, у его подножия императрица Екатерина II положила трофей Чесменского сражения 1770 года — флаг капитан-паши турецкого флота. Потом на надгробии Петра появилось несколько памятных медалей: золотые — к 100-летию основания Санкт-Петербурга и 200-летию со дня рождения первого русского императора, золотая и бронзовая — к 200-летию Полтавской битвы, серебряная — к 200-летию взятия Нарвы и др. На стене около надгробия в 1898 году был укреплен серебряный барельеф, изображавший памятник Петру I в Таганроге; рядом в золотом окладе висела икона с ликом апостола Петра, примечательная тем, что своими размерами соответствовала росту Петра I при рождении…
Первоначально надгробия над усыпальницами русских императоров представляли собой четырехугольные продолговатые плиты разных размеров (мраморные или из путиловско-го камня). Все они были накрыты парчовыми покрывалами.[49] В 1824 году журнал „Отечественные записки“ сообщал, что во время путешествия по России мадам де Сталь захотела иметь сувенир с гробницы Петра I. Она попыталась отрезать кусочек парчового покрывала, однако церковный сторож заметил это. Мадам пришлось спешно покинуть собор, а успокаивать бдительного сторожа остался сопровождавший ее Вихман.
В 1865 году, во время крупной реконструкции собора, были установлены новые надгробия, проект которых выполнили архитекторы А.А. Пуаро и А.Л. Гун. Саркофаги сделали из белого каррарского мрамора с большими бронзовыми крестами на верхней грани. По углам императорских надгробий располагались бронзовые императорские орлы, в головах саркофагов крепились бронзовые доски с обозначением имени погребенного, его титула, места и даты смерти, а также даты погребения.
В 1906 году над могилами императора Александра II и его супруги — императрицы Марии Федоровны — были установлены новые надгробия. Их изготовили из полудрагоценных камней на Петергофской гранильной фабрике по проекту архитектора А.Л. Гуна. Надгробие императора было сделано из зеленой волнистой яшмы, императрицы — из розового с жилками орлеца.