Интриган обратил внимание на некоего Гракха (Франсуа) Бебёфа, одного из первых коммунистов-уравнителей в европейской истории. Организуя тайные встречи с Бабёфом, Фуше стал подстрекать фанатика на восстание против Конвента во имя всеобщего равенства. Доверчивый Бабёф и впрямь поднял рабочих на восстание, которое было подавлено в один день. Бабёфа казнили, Фуше, казалось, избежал разоблачения.
И вдруг Тальен на открытом заседании Конвента выступил с речью, в которой обвинил Фуше как вдохновителя и истинного организатора заговора Бабёфа. Припомнили ему и террор в Лионе. Тайными переговорами с обвинителями Фуше ухитрился выйти сухим из воды: он всего лишь покинул Конвент и на три года исчез с политической арены – Фуше стал тайным шпионом директора Директории Барраса.
Впрочем, Фуше не собирался замыкаться на одном Баррасе. После казни Робеспьера во Франции расцвели банки и спекулянты, как это обычно бывает после краха революции. И Фуше начал поставлять шпионскую информацию крупнейшим банкирам, а заодно, пользуясь прошлыми связями, тайно устраивал их дела во власти.
После подавления Вандемьерского мятежа 4 сентября 1795 г. и самороспуска Конвента 26 октября того же года роялисты пошли законным путем: на выборах летом 1797 г. они получили большинство в законодательных органах и стали готовить возведение на престол Людовика XVIII. Тогда 4 сентября Директория совершила государственный переворот, разогнала монархистов и установила диктатуру. Видную роль в этом сыграли Бонапарт (явно) и Фуше (негласно). Почти сразу Баррас официально привлек Фуше к секретным переговорам с англичанами, а 21 июля 1799 г. Директория назначила его министром полиции.
13 августа 1799 г. Фуше пришел в якобинский клуб и велел всем разойтись по домам и более не собираться. Этот акт Фуше называют фактическим концом Великой буржуазной революции.
За три последующих месяца Фуше сумел, опираясь на созданную им шпионскую сеть, прибрать всю власть в стране к своим рукам. Он даже получил тогда прозвище «министр интриги». Агентами Фуше оказались самые высокопоставленные лица Франции, в их числе Жозефина Бонапарт (Богарне), люди из окружения генерала Наполеона, директора Барраса и короля Людовика XVIII.
Узнав, что Баррас готов отдать власть Людовику XVIII в обмен на герцогский титул, Фуше сделал ставку на Наполеона, находившегося в 1799 г. в египетском походе. Именно в те дни любвеобильная Жозефина Богарне завела себе сразу троих любовников и с легкостью попала в сети Фуше: распутница вынужденно согласилась стать осведомительницей, хозяин даже платил ей за информацию. Неудивительно, что первый, кому Жозефина сообщила о грядущем тайном возвращении Наполеона из Египта, стал министр полиции. Первым узнал он и о подготовке генералом государственного мятежа, и сразу перешел на сторону заговорщиков.
Переворот 9 ноября 1799 г., который официально признан историками как финальная точка в революции, Фуше «проспал» и очень «удивился», когда ему сообщили о случившемся. Наполеон и Фуше всем в карьере были обязаны Баррасу, но именно Барраса они и свергли.
Едва Наполеон захватил власть, началась борьба между его семьей – матерью, братьями и сестрами – и союзом Жозефины с Фуше. Клан Бонапартов требовал от Наполеона коронации и монархии, Жозефина и Фуше были против.
Вечером 24 декабря 1800 г. монархисты попытались взорвать карету с Наполеоном, уже ставшим к тому времени консулом. Фуше за две недели раскрыл заговор и арестовал его организаторов. Казалось бы, авторитет его у Наполеона должен был возрасти, но тогда же консулу донесли, что министр в тайном общении с сановниками уверял их, будто Наполеон – убежденный республиканец и никогда не примет корону. Во избежание скандала, в сентябре 1802 г. консул упразднил министерство полиции, а Фуше возвел в сенаторы, дав ему в придачу маленькое княжество Экс, и удалил от себя.
Интриган потребовался вновь лишь в 1804 г. Именно Фуше поручил Наполеон подготовку сановников к возведению его в императоры. Фуше немедля переметнулся на сторону консула, предав Жозефину. Он буквально выкручивал руки сенаторам, пока те не объявили жизненно необходимым короновать Наполеона императором! Петицию об этом написал сам Фуше, за что и получил обратно министерство полиции.
С этого времени Наполеон оказался под колпаком у Фуше. Министр отслеживал каждый его шаг, все его дела – от личных финансовых до постельных.
Сразу после развода императора с Жозефиной и его женитьбы на Марии Луизе зоркий Фуше понял, что править Наполеону недолго, а потому поспешил вступить в тайные переговоры о власти одновременно с Людовиком XVIII, со скрытыми якобинцами и с английским правительством. Однако за министром следили шпионы Наполеона. Хотя за этими шпионами уже следили шпионы Фуше, первым все же удалось разузнать и донести императору подробности этих переговоров. В 1810 г. министра полиции вновь спровадили в отставку. К этому времени Фуше уже был герцогом Отрантским – герб герцогу был дан отменный: в центре поля стоит отлитый из золота столб, вокруг которого обвивается змея.