Поначалу Ени Чери состояла из одной тысячи воинов. Поскольку все они оказались отчаянными вояками и проявляли чудеса храбрости, то постепенно быть янычаром стало престижно. Попасть в их ряды мечтали многие молодые турки, но получили они такую возможность не скоро.
В 1402 г. войско Османов было разгромлено в битве под Ангорой (ныне Анкара) воинством Тимура. Янычары погибли все до одного, а султан Баязид I попал в плен, где и умер. Завоеватель разделил страну на несколько частей, и, казалось, что империи не возродиться. К счастью для Османов, Тимур умер в 1405 г., и его государство развалилось само по себе. Это позволило султану Мураду II в течение 1420—1430 х гг. восстановить могущество Османов. Тогда же началось возрождение янычар.
С этого времени они стали элитой турецкой армии – гвардией султана. Но одновременно началось быстрое духовное разложение янычар. Особенно интенсивно оно шло после кончины Сулеймана II Великолепного. Дело в том, что долгое время янычарам запрещали жениться и иметь детей. Только в 1566 г. султан Селим II, вступая на престол, дозволил янычарам обзаводиться семьями и накапливать богатства. Крайне недовольные последним обстоятельством, этнические турки добились того, что с 1683 г. их тоже стали брать в янычары. Началась эпоха янычарского «беспредела» – грабежа мирного населения и противостояния гвардии султанам.
С середины XV в. гвардия начала вмешиваться в дела политические. Летом 1444 г. султан Мурад II, тот самый, кто покорил балканские народы, отошел от дел и передал власть своему 12 летнему сыну Мехмеду II. Воспользовавшись молодостью последнего, в 1449 г. янычары впервые в истории подняли мятеж против своего султана, требуя повышения жалованья. Пришлось властям удовлетворить их требование, а Мурад II вынужденно вернулся на престол. Когда в 1451 г. Мурад погиб, и султаном вновь стал Мехмед II, он постарался подкупить янычар и тоже впервые в истории сам выплатил бакшиш своей гвардии. С этого дня такая взятка вошла в традицию. Ее упразднил в 1774 г. Абдул Хамид I.
К началу XVII в. численность янычар достигла 90 тыс. человек – они стали самым крупным подразделением турецкой армии. Тогда же янычары оказались средоточием заговоров и дворцовых переворотов, стали сажать на престол угодных им султанов и свергать проштрафившихся. За 200 лет ими были свергнуты и убиты шесть султанов: Осман II в 1622 г., Мустафа I в 1623 г., Ибрагим в 1648 г., Мустафа II в 1703 г., Ахмед III в 1730 г. Последним из свергнутых и убитых янычарами стал в 1807 г. Селим III. Не будем забывать, что высших сановников янычары свергали и убивали гораздо чаще, нередко для того, чтобы запугать строптивых властителей.
Янычарская вольница оказалась одной из главных причин тяжелейших поражений, которые потерпела Османская империя в ходе Русско-турецких войн XVIII в. В 1789 г. умер султан Абдул Хаммид и на престол взошел Селим III. Именно он задумал реформы в турецком обществе по европейскому образцу. Первым делом был учрежден низам-и-джедид – войско, альтернативное янычарам, которое возглавили наемные французские офицеры.
Султан предложил янычарам записаться в новое войско, но они все как один отказались, затаив в душе злобу: Селим осыпал низам-и-джедид почестями и дарами, которые ранее получала гвардия. Раздражение янычар возрастало по мере того, как новые воины под началом французов одерживали победу за победой на полях сражений в Булгарии и Румелии.
Озлоблением этим решил воспользоваться некий продавец тыквы Мустафа-паша Кабакджи-оглу. Тайно его поддержали каймакам (наместник округа) Кесе Муса-паша и шейх-уль-ислам (главный муфтий империи). Кабакджи-оглу объявил Селима предателем веры и народа и призвал захватить Стамбул. Он привел в столицу огромную толпу, которая совместно с янычарами вырезала преданных султану сановников.
Селим III был застигнут врасплох и не смог организовать оборону. Султана свергли, а на престол возвели его двоюродного брата Мустафу IV. Селима заточили в тюрьму. Кабакджи-оглу стал великими визирем.
Когда весть о низложении султана дошла до его друга, вали (губернатора) вилайета Силистра и командующего войсками Дунайского фронта Мустафа-паши Байрактара, он собрал верных свергнутому султану людей в тайное общество «Рущукские друзья» и возглавил государственный заговор с целью спасения Селима. Первым делом был устранен Кабакджи-оглу – подосланные убийцы нашли его в гареме и закололи на глазах жен и наложниц. А в начале лета 1808 г. верная Байрактару армия без боя заняла Стамбул. Мустафа IV был низложен, но до того он успел направить убийц к Селиму и своему родному брату Махмуду. Селима удавили, а Махмуда не смогли отыскать. Мустафу заточили в ту же камеру, где сидел Селим. 28 июля 1808 г. на престол взошел Махмуд II. Теперь Байрактар стал великим визирем.