Самостоятельным мышлением он рано вызвал неудовольствие центра Папской курии – священной канцелярии. В 1925 году Ронкалли, получив сан епископа, был назначен нунцием (дипломатом) на один из самых трудных участков, – в Софию. Болгарский царь принадлежал к православной церкви, его жена, из Савойской династии, – к католической. Чтобы бракосочетание совершилось по католическому обряду, дети от этого брака должны были воспитываться в католической вере, что не устраивало болгарского царя. Часто возникали такие ситуации, из которых сам нунций с трудом находил выход. И куриальной бюрократии не оставалось ничего другого, как терпеть Ронкалли на этом посту.
В 1935 году он прибыл в качестве нунция в Анкару. Поскольку Ронкалли представлял Святой престол также и в Афинах, то ему приходилось действовать в одно и то же время в двух конфликтующих между собой средах. Он так блестяще справлялся со своими обязанностями, что Монтини, в ту пору помощник статс-секретаря в Ватикане, настоял на передаче Ронкалли нунциатуры в Париже (1944). То была нунциатура первостепенной важности. Предшественник Ронкалли на этом посту, Валери, поддерживавший хорошие отношения с режимом Виши, после падения этого режима был отозван по требованию де Голля. Большинство французских епископов, подобно тому же Валери, было коллаборационистами. Ронкалли оказался перед почти неразрешимыми проблемами, но он быстро завоевал доверие де Голля и, находясь в Париже, нашел и путь в Москву. То, что не было ему ясно в Софии и Анкаре, он понял в Париже во время разговоров с де Голлем: без мощи Советского Союза Европа немыслима.
Возведенный в 1953 году в соответствии с желанием французского правительства в сан кардинала, Ронкалли стал патриархом Венеции.
Осенью 1958 года конклав кардиналов избрал Ронкалли папой. Уже выбранное им для себя имя – Иоанн ХХIII – явилось вызовом Папской курии. Это имя папы, который за совершенные им преступления в 1415 году был смещен церковным собором в Констанце.
Понтификат Иоанна XXIII, продлившийся неполных пять лет, определил новый курс ватиканской политики.
Положение, в котором уже в течение длительного времени пребывала католическая церковь, было очень серьезным. Конфронтация с лагерем социализма была лишь одной из важнейших проблем, которую надо было решать. В отличие от своего предшественника Пия XII Иоанн XXIII настойчиво выступал за мир и мирное сосуществование государств с различными социальными системами независимо от господствующей в них идеологии.
В своей первой энциклике «Ad petri catedram» от 2 июля 1959 года папа писал, что новая война превратит мир в руины, и призывал всех людей, особенно тех, кто стоит во главе государств, добиваться соглашений и сохранить мир.
В 1959 году Иоанн XXIII официально признал революцию на Кубе, аккредитовал при папском дворе представителя правительства Ф. Кастро Л.-А. Бланко-и-Фернандеса.
Однако стратегия Ватикана – принципиальное отрицание идеологии коммунизма – сохранялась и в период понтификата Иоанна ХХIII. В то же время папа считал, что урегулирование отношений между Ватиканом со странами социалистического лагеря, где проживает больше 50 миллионов католиков, отвечает интересам католической церкви, хотя и оставался противником общественного строя, существовавшего в этих государствах.
Иоанн прекрасно понимал, что с коммунизмом не может быть никакого идеологического сближения. Альтернативой должна быть не война против Советского Союза, а «истинный мир, мир Христа». Так он хотел защитить себя от тех противников в курии, которые упрекали его в отступлении от основных положений католической церкви.
В начале 1960-х годов Иоанн XXIII неожиданно для многих высказался за решение спорных вопросов между двумя системами путем «свободных и лояльных переговоров», содействовать которым – «знак мудрости и осторожности, благословляемый на Небе и земле». В отличие от своих предшественников Иоанн XXIII не требовал осыпать проклятиями и отлучать от церкви тех, кто исповедует «ошибочные учения». «Сегодня церковь предпочитает прощение вместо суровости», – говорил он.
Выступая по радио в сентябре 1961 года, Иоанн XXIII советовал правителям государств «осознать огромную ответственность, которую они несут перед историей» и решать спорные вопросы не силой, а путем искренних и свободных переговоров.
В речи 25 декабря 1961 года перед дипломатами, аккредитованными при Ватикане, папа убеждал заинтересованные стороны идти на уступки для достижения мира: «Суд истории будет суров для тех, кто не сделает все возможное, для того чтобы отдалить от человечества угрозу войны».
Эта же мысль была развита им на приеме правительственных делегаций, прибывших на открытие Вселенского собора в Ватикане в октябре 1962 года, и еще раз – через несколько дней после этого, в дни кризиса в районе Карибского моря.