Фактически в докладе никто не представлен в качестве главного виновника случившегося. Остается загадкой и что случилось с телами пассажиров. Этот вопрос экспертами ИКАО подробно не рассматривался, хотя у специалистов ИКАО не вызывает сомнения, что сбит действительно пассажирский авиалайнер. Специалистами французского бюро расследования установлено, что записи переговоров на борту лайнера (как между членами экипажа, так и объявления членов экипажа пассажирам) — «первоисточники переговоров», то есть это не имитация переговоров с помощью заранее сделанной магнитной записи. Установлено даже, что второй пилот докладывал будучи в кислородной маске. Поэтому сомнений о наличии на борту экипажа и пассажиров у комиссии ИКАО нет. Кроме того, водолазами подняты фрагменты человеческих тканей, кожи, которые потом исследовались в Центре судебной медицины.
Расследование ИКАО позволило ответить на один очень важный вопрос — сколько минут продолжалось падение самолета. В одном из выводов доклада утверждается, что доклад Осиповича о попадании в «Боинг» двух ракет ошибочен. В частности, еще через минуту с лишним после атаки с борта КАЛ-007 шли радиосигналы с использованием высокочастотной радиостанции номер один, антенна которой располагается именно на конце левой плоскости крыла (значит, крыло не было перерублено пополам взрывом ракеты). Ни один из двигателей «Боинга», вероятнее всего, не был поврежден. Дважды бортинженер подбитого самолета отметил — это слышно на магнитофонной записи одного из «черных ящиков», — что двигатели функционируют нормально. В «Боинг» попала, вероятнее всего, только одна ракета, имевшая радиолокационную головку самонаведения, которая должна была взорваться на удалении 50 м от цели, повредив прежде всего систему управления самолетом.
Сразу после атаки «Боинг» стал набирать высоту и через 40 секунд поднялся больше чем на километр — с 35000 футов до 38250 футов. И только затем стал снижаться, но не падать, а, по сути, планировать (вертикальная скорость снижения в этот момент составляла 12000 футов в минуту), хотя и с возрастающей скоростью, по спирали.
В последний раз КАЛ-007 был зафиксирован радарами на высоте 5000 м через девять минут после того, как его подбил Су-15. Затем радиолокационный контакт был потерян. К тому времени оба самописца уже вышли из строя. Эксперты ИКАО не смогли дать ответ на этот вопрос, но констатировали, что в этот момент — на 104-й секунде после атаки — «Боинг» был на высоте 33850 футов, имел воздушную скорость 282 узла и вертикальную скорость снижения около 5000 футов в минуту. Замедление скорости снижения могло означать, что самолет поддавался определенному контролю со стороны пилотов. Таким образом, время падения «Боинга» составило по меньшей мере 9 минут, а возможно, даже 12 минут. За это время большинство пассажиров, вероятно, успели выполнить все команды экипажа: пристегнули ремни, надели кислородные маски. Однако ни одного тела пассажира не найдено.
В 1997 году бывший высокопоставленный сотрудник японской военной разведки заявил, что южнокорейский «Боинг-747» выполнял задание американских спецслужб. Подробности этого события изложены в книге «Правда о полете КАЛ-007», которую написал отставной офицер Иосиро Танака, руководивший до выхода на пенсию электронным прослушиванием военных объектов СССР со станции слежения в Вакканае, на самом севере острова Хоккайдо. Именно этот объект, кстати, зафиксировал переговоры советских пилотов, преследовавших южнокорейский самолет в ночь с 31 августа на 1 сентября 1983 года.
Свои утверждения Танака основал на анализе данных о крайне странном маршруте движения лайнера, а также на предоставленных Россией в распоряжение ИКАО в 1991 году сведениях о советских радиопереговорах в связи с этим инцидентом. В результате собственного исследования бывший офицер японской разведки пришел к выводу, что американские спецслужбы сознательно направили южнокорейский пассажирский самолет в советское воздушное пространство, чтобы вызвать переполох в системе противовоздушной обороны СССР и выявить ее засекреченные и обычно молчащие объекты. По мнению Танаки, США в то время прилагали все усилия для сбора информации о советской ПВО на Дальнем Востоке, которая в 1982 году была модернизирована и значительно усилена. Американские разведывательные самолеты и раньше регулярно нарушали воздушное пространство СССР в районе гибели южнокорейского «Боинга-747», однако они могли залетать туда только на очень короткое время. Именно поэтому, считал японский эксперт, для проведения операции выбран пассажирский лайнер, который, по мнению спецслужб США, мог долго и безнаказанно лететь над объектами советской ПВО.
Существуют и на первый взгляд невероятные версии этой катастрофы. По одной из них, границу нарушил беспилотный «Боинг» — двойник, имитировавший полет рейса КАЛ-007. А пассажирский «Боинг» уничтожен на своей международной трассе по указанию директора ЦРУ США Уильяма Кейси.