Командир Чон в своем последнем радиоконтакте с Токио уверенно доложил, что находится в 181 км юго-восточнее японского острова Хоккайдо. На самом деле он находился ровно в 181 км севернее острова. Почему авиадиспетчеры не сообщили ему об ошибке? Пролетел ли он целенаправленно над закрытой советской территорией, чтобы уменьшить расход дорогого топлива для своих экономных хозяев? Он и так летел по маршруту «Ромео-20», в непосредственной близости от советской территории. Экипажи обычно использовали метеорадары, чтобы увериться, что не пересекли границу. Документы свидетельствуют, что никогда раньше во время регулярного рейса лайнер не отклонялся от утвержденного плана полета. К тому же южнокорейцы лучше других знали о риске, связанном с отклонением от курса. В 1978 году советские военные обстреляли сбившийся с пути корейский лайнер и заставили его приземлиться. «Боинг-707» тогда потерял управление и снизился почти на 10000 м, прежде чем его удалось выровнять и посадить за Полярным кругом, на замерзшем озере недалеко от Мурманска. Двое пассажиров погибли; оставшиеся в живых, включая 13 раненых, были спасены. Советская сторона выставила южнокорейскому правительству счет «за услуги» — 100 тысяч долларов.
Эксперты пытались ответить на вопрос, почему все-таки корейский «Боинг» сбился с курса? В результате расчетов, выполненных после имитации условий полета на механическом стенде компании «Боинг» на заводе в Сиэтле, появилось следующее объяснение. Когда командир авиалайнера Чон вылетал из Анкориджа, он не сверил заранее запрограммированный курс полета с системой ИНС, поскольку высокочастотный радиомаяк аляскинского аэропорта временно отключили для профилактики. Положившись при взлете на свой компас, пилот установил по нему курс 246. Отклонение от предписанного маршрута «Ромео-20» в таком случае составило бы 9 градусов по компасу. Если командир экипажа продолжал идти этим курсом и не переключился на ИНС, его ошибка вкупе со скоростью ветра в верхних слоях атмосферы могла привести КАЛ-007 прямо под ракеты бдительных советских истребителей-перехватчиков.
Несмотря на грозные обвинения и контробвинения дипломатов и политиков, никто не хотел, чтобы инцидент вылился в конфронтацию великих держав. Президент Рейган говорил о «преступлении против человечества», но ответные меры США, такие, как просьба к другим странам прекратить на два месяца воздушное сообщение с Советским Союзом, были взвешенными. Одиннадцать западных государств согласились на не столь продолжительные санкции. Смерть невинных мирных граждан — трагедия, но мировое сообщество, казалось, согласно, месть или наказание не должны препятствовать развитию отношений, благодаря которым можно спасти миллионы жизней. Даже опубликование фактов об уничтожении КАЛ-007 не помешало советским и американским представителям в Женеве продолжить активные переговоры о проекте соглашения по ядерным вооружениям. По словам Рейгана, подход США заключался в «демонстрации негодования при продолжении переговоров».
Советская сторона гнула свое: вся эта операция с гражданским «Боингом» организована американскими спецслужбами. В ней приняли участие службы военно-воздушных, военно-морских, наземных и даже космических сил американской разведки. Задавались все те же вопросы: как мог самолет, оснащенный первоклассными средствами навигации, отклониться от трассы более чем на 500 км? Почему экипаж «Боинга-747» не скорректировал курс, когда вышел в зону Камчатки, хотя точно знал, что его маршрут вплоть до Японии проходит над океаном? По какой причине самолет не просто беспомощно блуждал два с половиной часа в воздушном пространстве Советского Союза, а достаточно четко маневрировал, дабы оказаться над наиболее важными стратегическими объектами? Наконец, почему наземные службы, отвечающие за трассу Нью-Йорк — Сеул, не приняли никаких мер, чтобы вернуть машину на давно выверенный, отработанный курс; не оповестили советские власти о якобы «заблудившемся» самолете?
Многие обращали внимание на то, что этот рейс не случайно выполнялся в составе почти удвоенного по числу лиц экипажа, а возглавлял его бывший личный пилот сеульского диктатора полковник южнокорейских ВВС Чон Бен Ин. Вот что писала о нем «Нью-Йорк таймс»: «Командир рейса 007 Чон Бен Ин (45 лет) ушел в отставку с действительной службы в звании полковника ВВС в 1971 году. В следующем, 1972-м, он поступил на службу в южнокорейскую компанию „Кориэн эйрлайнз“. Он опытный пилот, имеющий за плечами 10627 часов полетного времен (из них на „Боинге-747“ — 6618 часов). На тихоокеанской трассе R-20 работал более пяти лет; в 1982 году награжден за безаварийную работу. Иными словами, это ас южнокорейских ВВС. Поэтому просто бессмысленно утверждать, что он чем-то был „отвлечен“ во время полета».