Было ясно, что немцы нанесут удар на северном побережье. Здесь располагались все основные аэродромы и наиболее крупные населенные пункты. Отсюда дороги вели на восток и запад. И только несколько грунтовых дорог вели к югу через крутые горные склоны.
Разведка определила, что атака произойдет в западной части Крита, и Фрейберг разместил 2-ю Новозеландскую дивизию в районе деревни Малем и аэродрома, расположенного недалеко от берега моря. Он оставил около 14 000 англичан и австралийцев у Ханьи и залива Суда, в нескольких милях к востоку, которые заняли оборону на случай нападения со стороны моря. У Ретимнона, расположенного в 30 милях от Ханьи, Фрейберг разместил 19-ю Австралийскую бригаду, а возле Ираклиона, в 40 милях дальше на восток, расположилась 14-я Британская бригада. Все эти позиции Фрейберг подкрепил с тыла греческими войсками.
Командующий операцией «Меркурий» Александр Лёр разделил свои воздушно-десантные войска на три группы: западную, центральную и восточную. Во время первой волны атаки, ранним утром 20 мая 1941 года, западная группа должна была высадиться в двух местах: в Малеме и и районе Ханьи и залива Суда. Во время второй волны атаки, днем, центральная группа получила задание десантироваться на востоке от Ретимнона, а восточная группа — в районе Ираклиона. Как только аэродром Малем окажется в руках немцев, туда на транспортных самолетах будут переброшены части 5-й горнострелковой дивизии. 8-й воздушный корпус генерала Вольфрама фон Рихтгофена насчитывал в своем составе 280 бомбардировщиков, 150 пикировщиков, 180 истребителей и 40 самолетов-разведчиков. Эти силы должны были прикрывать атаку.
В мае самолеты Рихтгофена начали наносить столь серьезные удары по группировке британской авиации на Крите, которая насчитывала всего 40 самолетов, что командование королевских ВВС было вынуждено перебросить все уцелевшие машины в Египет. Таким образом, немцы получили полное превосходство в воздухе. Самолеты люфтваффе постоянно бомбили предполагаемые позиции британских войск, однако маскировка подразделений, размещенных на острове, оказалась настолько эффективной, что они понесли лишь незначительные потери.
Самолеты-разведчики люфтваффе за несколько дней до нападения немцев на остров обнаружили, что значительные силы королевского военно-морского флота выдвинулись к югу и западу от Крита. Это указывало на то, что англичане решили укрепить оборону острова.
Таким образом, к 20 мая немцы удерживали господство в воздухе, а англичане — на море. Однако корабли королевских ВМС, не имея прикрытия с воздуха, подвергались серьезной опасности.
Ранним утром бомбардировщики люфтваффе нанесли массированный удар по позициям английских войск, нарушив систему коммуникаций и подавив несколько зенитных батарей. После этого первая волна немецкого десанта высадилась с планеров в районе Малема и на юге от Ханьи. Чуть позже в районе аэродрома Ханьи и на портовые сооружения в заливе Суда были сброшены парашютисты. Все говорили, что во время этой первой волны на острове высадились до 6000 немецких десантников. Англичане, новозеландцы и австралийцы выжидали.
Дело закончилось почти полным истреблением германского десанта.
Некоторые планеры разбились, прежде чем достигли цели. Другие смогли удачно приземлиться, но были уничтожены практически моментально, еще до того, как десантники успели выбраться наружу. Многие парашютисты опускались прямо на английские позиции и были расстреляны уже в воздухе. Удачной высадке немецких войск сильно помешал ветер, который дул в сторону моря. Боясь, что парашютистов унесет в море, пилоты немецких самолетов старались высадить их как можно дальше от берега, фактически за линией обороны англичан.
Немецкие десантники опускались на землю легко вооруженными. Из-за интенсивного огня многие не могли добраться до контейнеров, в которых находились пулеметы и пушки, и значительная часть снаряжения так и не попала по назначению.
Немцы, десантировавшиеся к югу от Ханьи, не смогли взять город или залив Суда, и в ту ночь им пришлось перейти к обороне. Только в узкой долине реки Тавронитис к западу от Малема германские части сумели перегруппироваться и нанести удар в направлении господствующих высот к югу от малемского аэродрома. Новозеландцы, чьи подразделения занимали эти высоты, сдержали натиск немцев и не допустили их прорыва к взлетно-посадочным полосам.
Однако за ночь у командира новозеландцев возникло ложное впечатление, что его люди больше не смогут отбивать немецкие атаки. С одобрения командира бригады он перевел своих бойцов примерно на милю к востоку. Это позволило немцам выдвинуться вперед и захватить часть аэродрома, а также укрепиться на высотах к югу от Малема. Некоторые взлетно-посадочные полосы могли принять немецкие самолеты, хотя и находились в пределах досягаемости британской артиллерии.