Ответственный заказ требовал скорейшего воплощения, но работать было исключительно трудно: не хватало помощников и средств. В 1725 г., когда под золочение было подготовлено уже «много штук» (деталей), Зарудный просил выдать ему для работ и на золочение 2 тысячи золотых. Выдана ему была всего одна тысяча, и «оною тысячею едва один Петропавловский (иконостас) столярством и снецарством окончается, а на позолоту потребно тысяча золотых и тем дай боже, одолеть штуки зело великие». А «если золото не будет выдано в ближайшее время, то работы остановятся», – пишет Зарудный 11 декабря 1725 г. В ответ на это Екатерина I приказала выдать 2 тысячи рублей. Деньги эти были отправлены в Московскую соляную контору, которая должна была передать их «штатному» советнику П. И. Мусину-Пушкину, постоянно связанному с Зарудным.
Смерть не позволила мастеру закончить исаакиевский иконостас. Он был опечатан, и только в 1731 г. его «распечатали». Заканчивать резьбу, раскраску и позлащение было поручено подмастерьям И. П. Зарудного под надзором архитектора Т. Н. Усова.
Иконостас Петропавловского собора существует до сих пор; его композиционное решение почти целиком обусловлено теми приемами барочной архитектуры, которыми в совершенстве владел московский зодчий, а его декор свидетельствует о большом даре и неисчерпаемом художественном воображении Зарудного.
В литературе довольно прочно укрепилось мнение, что иконостас проектировался Зарудным без чьего-либо участия. Документов, прямо утверждающих либо прямо отвергающих эту точку зрения, пока обнаружить не удалось. Но несколько слов, вскользь брошенных самим Зарудным, а также косвенные свидетельства документов позволяют предполагать, что первоначальный рисунок был сделан главным архитектором Петропавловского собора Доменико Трезини, который в свою очередь учел указания Петра I.
В письме Макарову от 1 февраля 1725 г. Зарудный говорит: «…Велено мне… в том исправляться, дабы по данным мне рисункам оные иконостасы в нынешнее зимнее время совсем отделать». А Канцелярия строений, заключая договор на написание икон, требует от Трезини 1 марта 1726 г. чертеж «такой же, каков послан в Москву для дела иконостаса». Приведенные выдержки как будто дают основание считать, что в общих чертах иконостас был решен «Трезином», а в дальнейшем разрабатывался и детализировался Зарудным.
Над созданием петропавловского иконостаса по чертежам Зарудного и под его непосредственным руководством с 1722 г. работали многие московские мастера. Они завершили свой труд в 1727 г. К сожалению, кроме имен Трифона Иванова и Ивана Телеги, продолживших работы по сборке, установке и окончательной отделке иконостаса с 1728 по 1731 г., история не сохранила для нас имена более 50 мастеров, принимавших участие в его изготовлении и монтаже.
Иконостасы И. П. Зарудного наравне с его архитектурными творениями отличались новаторским духом исполнения. Они впервые в России ввели в традиционную чисто орнаментальную резьбу «реально трактованную круглую скульптуру». Творения Зарудного пришлись по вкусу многим современникам. И конечно, можно предположить, что кроме этих монументально-декоративных произведений Зарудного, известных по документам, художник успел сделать еще немало и других, так как у него была целая мастерская в Москве, где работали его подмастерья и ученики.
Зарудный проявил себя как непревзойденный декоратор. После сооружения им трона и балдахина для императора в Синодальной палате в 1721 г. он получает в 1724 г. заказ на устройство ковчега и балдахина для перенесения из Московского Кремля в Петербург мощей Александра Невского. Торжественная церемония перенесения состоялась 30 августа того же года. Ковчег и балдахин не сохранились, но, судя по дошедшему до нас подробному описанию, они были решены Зарудным в пышных, праздничных формах.
О деятельности Зарудного-живописца нет никаких определенных сведений, по она, конечно, была весьма заметной, если Петр I счел возможным поручить ему главный надзор за всеми иконописцами и живописцами России. Это чувствуется в строках Указа, изданного 27 апреля 1707 г.: «Лучшего ради благолепия и чести св. икон… московских градских и иностранных приезжих во всей Всероссийской своей державе надзирать и ведать их, кроме всех приказов, и свидетельствовать иконы, объявлять признаками, которые впредь им даны будут, и смотреть прилежно у себя Ивану Зарудному… И ведать ему Ивану с ведома преосвященного Стефана митрополита, а за высочайшую честь св. икон и в благопотребном изуграфстве управительного надсмотрения писатися ему Ивану супер интендентором». Это звание (в позднейших документах – «суперинтендент») осталось за ним до конца жизни.