Это первое свидание Цезаря с Клеопатрою, по всей вероятности, длилось до поздней ночи. Достоверно только то, что на другой день, рано утром, Цезарь велел позвать Птолемея и сказал ему, чтобы он помирился с сестрою и разделил с нею престол. "В одну ночь, говорит Дион Кассий, Цезарь сделался защитником той, для которой он считал себя судьею". Птолемей воспротивился приказаниям консула, и, когда была введена Клеопатра, молодой царь, обезумевший от гнева, бросил свою корону к ногам Цезаря, вышел из дворца и закричал: "Измена! Измена! К оружию!" Толпа присоединилась к этому крику и бросилась на дворец. Цезарь, не чувствуя себя достаточно сильным (он мог собрать только несколько манипул [Манипула = рота солдат у римлян.] легионеров) вышел на одну из террас и издалека обратился к толпе с речью. Ему удалось успокоить ее, дав обещание сделать все, чего пожелают египтяне. В то же время его воины, – вернувшиеся с поля, окружили молодого Птолемея, разлучили с его сторонниками и со всевозможными знаками почести, заставили его вернуться в дворец, где Цезарь сделал его своим аманатом (заложником).
На следующий день народ был собран на публичной площади. Цезарь, Птолемей и Клеопатра в великолепном убранстве отправились туда, в сопровождении эскорта ликторов. Все римляне были в полном вооружении и готовы подавить первую же попытку к возмущению. Цезарь громким голосом прочел завещание Птолемея Авлета и торжественно объявил, именем римского народа, что он заставит уважать последнюю волю покойного царя. Согласно с этим, старшие дети, оба должны вместе царствовать и управлять Египтом. Что же касается двух других детей царя, то он, Цезарь, отправляет их на остров Кипр, которым они и будут управлять.
Эта сцена произвела сильное впечатление на александрийцев. Тем не менее, Цезарь опасался восстания. Он поспешил вызвать в Александрию новые легионы, сформированные им в Малой Азии вместе с остатками войска Помпея. Но гораздо раньше, чем эти подкрепления могли прибыть, египетское войско из под Пелузы, по тайному распоряжению Пофена, вступило в город, с целью изгнания римлян. В то же время младшая сестра Клеопатры, Арзиноэ, при содействии евнуха Ганимеда и против воли Птолемея (все еще арестованного Цезарем), вышла из дворца и была признана народом и войском наследницей Лагидов. Это войско состояло из восемнадцати тысяч фантассинов (пехоты) и двух тысяч кавалерии и своим предводителем выбрало Акилла. Население Александрии было заодно с войском против иностранцев. У Цезаря было всего только четыре тысячи человек, считая вместе с экипажами его судов. Он находился в крайней опасности. Занимая с этой горстью людей дворцы Брухиума, он был осажден со стороны города солдатами Акилла и вооруженною чернью, а флот его, стоявший на якоре в большой гавани, был как в плену, так как неприятель занял проходы Озириса и Гептастада. Цезарь даже боялся, как бы флот его, обреченный на бездействие, не попал в руки александрийцев, которые воспользовались бы им для того, чтобы не пропускать вновь прибывающих воинов и провианта. Цезарь поджег свои корабли и тем избегнул этой первой опасности. Этот громадный пожар распространился на набережную и уничтожил массу домов и строения, между прочим Арсенал, Библиотеку и склады хлеба. Египтяне в ожесточении бросились в атаку, но легионеры, столь же хорошие землекопы, как и отважные солдаты, скоро преобразили Брухиум в неприступную позицию. Везде появились земляные насыпи, баррикады, фортификационные палисады. Театр обратился в крепость. Римляне выдержали двадцать приступов, не уступая ни одного вершка земли. Цезарь даже успел завладеть островом Фаросом, позицией, которая делала свободным проход в большой порт. Египтяне воображали, что будут победителями, если вместо женщины Арсиноэ, у них во главе будет Птолемей. Они велели передать Цезарю, что они воюют только потому, что он держит под арестом их царя, и как только он возвратит Птолемею свободу, они прекратят военные действия. Цезарь, знавший александрийцев, дал себя уговорит и выпустил Птолемея. Как только Птолемей прибыл в египетскую армию, война возобновилась с новым ожесточением. Но в это время по морю прибыло на помощь Цезарю первое подкрепление, 37-й легион. Война продолжалась без особого успеха на какой-либо стороне с начала весны 47-го года. Тогда распространилось известие, что Пелузы взяты приступом каким-то войском, спешившим на помощь Цезарю. Это был союзный корпус Митридата Пергамейца, шедшего из Сирии. Египтяне, опасаясь попасть между двух огней, отправились навстречу Митридату. Первое сражение, оставшееся нерешенным, произошло около Мемфиса. Но через несколько дней Цезарь, покинув Александрию, соединился с корпусом Митридата. Произошло второе сражение. Египтяне были разбиты по частям, а Птолемей утопился в Ниле. После этой победы, Цезарь, во главе своего войска, вернулся в Александрию. Буйная чернь, убедившаяся с этого момента в силе римского оружия, приняла консула со знаками уважения.