Вполне понятно, что с этого времени германская агентура на территории Советского Союза действовала постоянно, но особенно она активизировалась после присоединения к СССР осенью 1939 года территорий Западной Белоруссии и Западной Украины, ранее принадлежавших Польше. Тогда в составе капитулировавшей польской армии находилось много белорусов и украинцев, семьи которых оказались на территориях, занятых Красной Армией. Германское командование и спецслужбы, проведя предварительную работу с этими людьми, заявили о готовности передать военнопленных советской стороне. В связи с этим 16 октября 1939 года Народный комиссар внутренних дел СССР Л.П. Берия направил директиву № 807 опергруппе НКВД на Белорусском фронте «Об организации приема от германского командования и проверки военнопленных белорусов и украинцев, имеющих семьи на советской территории». Этой директивой предписывалось штабу Белорусского фронта принять от германского командования 20 тыс. человек военнопленных, обеспечить их питание и бесплатный проезд по железной дороге к местам жительства.
Сразу следует оговорить, что первоначально никаких репрессивных мер по отношению к этим лицам не предусматривалось, за исключением указания в процессе приемки обеспечить выявление офицеров, разведчиков и подозрительных лиц. О том, как проводилась эта работа, сколько было выявлено германских агентов и сколько их оказалось на советской территории, не сообщается.
В это же время наблюдается и массовый переход с территории СССР (Западная Украина и Западная Белоруссия) на территорию Германии людей, оказавшихся на территории, занятой Красной Армией. Так, на конец октября 1939 года при переходе с территории СССР на территорию Германии было задержано 465 человек, а в лагерях беженцев скопилось до нескольких десятков тысяч человек. Советское командование рассматривало вопрос обмена беженцами, не упуская при этом, конечно, возможности внедрить в их среду своих агентов.
Таким образом, обмен военнопленными и беженцами между СССР и Германией осенью 1939 года создал условия обеим сторонам для засылки своей агентуры на сопредельные стороны. Конечно, качество основной массы этих агентов было низким. Но среди них могли находиться и специалисты высокого класса, способные правильно оценивать обстановку и передавать важные донесения. Другое дело – как стороны воспользовались этой возможностью?
Большую помощь разведкам Германии и СССР оказали документы и агентурная сеть бывшей польской специальной службы (пляцувка), захваченные в результате осенних войсковых операций 1939 года. На основании этих документов, наряду с разгромом агентурной сети поляков на своей территории, и Германия, и СССР приложили все усилия, чтобы использовать польских агентов в своих интересах.
Также германское командование (нередко через румын или венгров) получило возможность добывать разведывательные сведения с территории СССР через отряды антисоветской повстанческой организации, деятельность которой в западных областях Украины началась уже в конце осени 1939 года.
Разведывательная информация о подготовке Германии к нападению на СССР из различных источников начала поступать в феврале 1940 года. Тогда от различных источников стала поступать информация о переброске германских войск на территорию Польши к границам СССР. Первое такое донесение поступило от Управления пограничных войск НКВД Украинского пограничного округа 16 февраля 1940 года. В нем говорится о переброске двух дивизий, пехотного полка и танковой части, проведении подготовительных мероприятий для приема других частей. Правда, в конце донесения делается заключение: «Причины переброски войск не установлены, однако не исключается, что это связано с распоряжением немецкого командования о производстве с марта 1940 года призыва в армию… поляков».
26 мая 1940 года в НКВД УССР поступило сообщение от пограничных войск НКВД УССР «О разведывательных полетах германских самолетов в погранполосе» в период с 24 по 26 мая 1940 года.
19 июня 1940 года была представлена сводка 5-го (разведывательного) управления РККА о положении в Германии, Румынии и Латвии. В ней, в частности, указывалось об усилении германских войск на границе с Литвой 16 и 17 июня. На советско-румынской границе происходило сосредоточение двух горнострелковых бригад.