Внутренние части их тела представляют много замечательного. Их скелет состоит из довольно тонких, но крепких костей, но последние не заключают в себе наполненных воздухом пространств, как у птиц. Строение руки также своеобразное. Плечо, предплечье и пальцы рук чрезвычайно удлинены, в особенности последние три пальца, превосходящие по длине плечевую часть руки. Благодаря этому, пальцы являются настолько превосходно приспособленными к расширению натянутой между ними летательной перепонки, насколько негодными для других целей. Только большой палец, не принимающий участия в летании, имеет еще сходство с пальцами других млекопитающих: обыкновенно он состоит из двух «уставов, короток и снабжен острым когтем, благодаря которому может заменять животному руку при лазании. Бедренная кость значительно короче и слабее плечевой, и все вообще кости ноги значительно слабее развиты соответствующих костей руки. Нога имеет довольно правильное строение: на ступне находятся пять пальцев с когтями. Но и она имеет свою особенность: от пятки выступает имеющаяся только у одних летучих мышей кость, шпора, которая служит для натягивания летательной перепонки между хвостом и ногой. Таким образом строение скелета рукокрылых напоминает, с одной стороны, птиц, с другой — допотопных летучих ящериц. Из мускулов заслуживают упоминания необыкновенно сильные грудные мускулы; кроме того, еще один мускул, совершенно отсутствующий у других млекопитающих и приросший одним концом к черепу, а другим — к руке. Назначение этого мускула — помогать расправлять крыло. Зубы имеют сходство с зубами насекомоядных; все роды зубов находятся у рукокрылых в замкнутых рядах, но число и форма их весьма разнообразны, чем и различаются роды их.
Из всех признаков рукокрылых наиболее замечательно развитие кожи, так как оно обусловливает не только форму всего тела, но и выражение лица и служит причиной того, что многие летучие мыши имеют положительно чудовищный вид. Широко раскрытая пасть также весьма способствует тому, что выражение их лица весьма своеобразно. Но что всего более придает их лицу отталкивающее и безобразное выражение (по крайней мере, по мнению большинства), так это накожные образования на ушах и на носу.
«Ни в какой другой группе животных, — говорит Блазиус, — нельзя указать на такое развитие кожной системы. Это обнаруживается в образовании ушей и носа, а также и летательной перепонки. Уши у всех видов имеют значительную величину. У некоторых видов по длине они превышают все тело, а в ширину оба уха иногда разрастаются до того, что обращаются в одну большую сплошную ушную раковину. У многих видов места, соседние с ноздрями и носовым гребнем, странным образом принимают участие в этом разрастании кожи, почему получаются физиономии, не имеющие себе подобных. Но не только в развитие летательной перепонки, а и всех прочих кожных образовании ушей и носа сказываются особенности летучих мышей, по которым они резко отличаются от остальных животных и которыми, несомненно, обусловлены их движения и образ жизни».