Половые органы всегда построены по одному основному плану, и у самцов и самок рыб они так сходны, что часто их возможно отличить лишь при внимательном исследовании. Яичники и семенники лежат в брюшной полости, непосредственно под почками и над извилинами кишки. Но их не всегда можно отыскать с одинаковою легкостью, так как они к периоду размножения необычайно раздуваются, а после этого периода снова утончаются. У некоторых рыб, например у круглоротых, угрей и лососей, яичник состоит то из одной срединной, то из двух боковых кожистых пластинок и не связан ни с каким выводным протоком, а совершенно окутан брюшиной. Зрелые яйца прорывают стенки яичника, падают в брюшную полость и из нее выбрасываются наружу посредством одного срединного или двух боковых щелевидных отверстий. У круглоротых и угрей семенники также не имеют выводного протока, а у лососей он существует. У большинства же рыб яичник устроен иначе, чем у вышеприведенных. Он образует мешок, на внутренней поверхности которого находятся то складки, то разнообразные наросты, в которых развиваются яйца, так что последние, созревши, падают при разрыве в полость яичника. Яичник непосредственно продолжается в яйцеводе, который соединяется с яйцеводом другой стороны. Яйцевод открывается наружу непосредственно позади заднепроходного отверстия и сосочка, расположенного между этим отверстием и мочевым. У некоторых костистых рыб, которые рождают живых детенышей, задний конец яйцевода расширен для воспринятия развивающихся яиц. У многих твердочешуйных рыб яичник образует обособленную массу, яйцевод же, обыкновенно длинный и извитой, имеет с каждой стороны широкое, трубкообразное отверстие в брюшную полость. В эту полость попадают яйца и выходят через яйцеводы наружу. У поперечноротых рыб парный или непарный яичник не стоит ни в какой непосредственной связи с парным яйцеводом. В каждом яйцеводе находится толстая, ясно развитая железа, которая, без сомнения, выделяет оболочку для яиц. Дальше книзу каждый яйцевод, расширяясь, образует матку, в которой молодь развивается и которая обыкновенно открывается в заднепроходную кишку. Семенники (молоки) у большинства костистых рыб представляют собой кожистые мешки, пронизанные разнообразными каналами. Наружное отверстие для обоих семяводов общее. У поперечноротых рыб мужские половые органы усложняются тем, что у них живчики развиваются не в разветвленных каналах, как у других рыб, а в маленьких, обособленных пузырьках, образующих придаточный семенник, из которого семявод открывается в клоаку. У них существуют настоящие органы совокупления в виде двух длинных сосковидных хрящевых придатков, помещающихся на внутренней стороне брюшных плавников.
Только в классе рыб мы встречаем электрические органы, состоящие из студенистых столбиков, замкнутых в кожистые, богатые сосудами стенки и разделенные многочисленными кожистыми перегородками на множество маленьких камер. На перегородках этих столбиков находятся в виде сплетений чрезвычайно тонкие нервы. Электрический угорь Южной Америки, африканский электрический сом и электрические скаты обладают весьма совершенными электрическими органами и могут произвольно освобождать собранный запас электрической силы и, следовательно, производить для своей защиты сильные удары. Конечно, истраченный при этом запас электричества более или менее быстро восстанавливается.