Когда Царь приказал допустить его в архивы, предполагалось, что Пушкин будет работать над Петром Великим, перед которым и Царь, и поэт преклонялись. История Петра не была еще ни написана, ни изучена, материалы о нем лежали в архивах не разобранные, не систематизированные. Пушкин более пяти лет рылся в документах, наполнил шесть больших тетрадей выписками и заметками. Смерть оборвала работу, не дала закончить многолетние замыслы. Равнодушные, невежественные наследники и небрежные издатели растеряли записи. Семья не сберегла его архивов. Сначала держали бумаги поэта в ящиках, ставили их куда попало, таскали бумаги из именья в именье, наконец, много лет спустя после его смерти, часть сдали в академию, остальное разбрасывали, теряли. Уже после революции, в 20-х годах нынешнего столетия, остатки Пушкинских записей о Петре потомки употребили на то, чтобы завязывать банки с вишневым вареньем. Только незначительная часть материалов о Петре опубликована. Гениальному поэту было не суждено написать историю гениального русского императора. Но своей близостью с Петром он успел насладиться и отчасти ее использовал в художественных своих произведениях.
Пушкина в истории интересовали не только строители, но и разрушители царств и империй. В его библиотеке было свыше 50 книг о французской революции. Изучал он русскую Смуту, дворцовые перевороты, крестьянские бунты, казачьи восстания. Два года, одновременно с материалом о Петре, подбирал он в архивах данные об одном из самых дерзких колебателей Российской Империи, о донском казаке Емельяне Пугачеве, который за 60 лет перед тем взволновал всю юго-восточную окраину России, все Поволжье, от Каспия до Казани. Им еще никто из историков не занимался. В 1809 году была издана в Москве книга: «Ложный Петр III, или Жизнь, характер и злодеяния бунтовщика Пугачева», но Пушкин на нее нигде не ссылается, и я боюсь утверждать, что он ее читал. Пушкин совсем не был уверен, что его похвалят за его любознательность. Он подходил к Пугачеву молча, украдкой, как к запретному плоду. Когда собрал все главные материалы о бунте и написал «Капитанскую дочку», он поехал в Оренбург, проверить себя, получить те непосредственные впечатления, которые для художника часто важнее документов.
Беглый казак, вор, конокрад, Емельян Пугачев, ради которого Пушкин пустился в далекое путешествие, целый год бушевал со своей шайкой, разросшейся под конец в целое войско, царствовал между Уралом и Волгой, грозя докатиться до Москвы. Сама Екатерина, среди европейского великолепия своего двора, чувствовала себя под угрозой. Она была женщина не робкая. Но и ее смутил стремительный успех бунтовщика, объявившего себя императором Петром III. Это был далеко не первый самозванец, выдававший себя за ее покойного мужа. Царица хорошо знала, что Петра Федоровича нет в живых, что уже десять лет как он лежит в могиле. Но даже тень убитого мужа, даже самозванцы, пользовавшиеся его именем, будили в ней темные воспоминания о прошлом, может быть, тревогу за будущее.
Бунт быстро принял такой грозный характер, что Екатерина послала против полчищ Пугачева Суворова. Еще до приезда знаменитого полководца генерал Бибиков разбил мятежников. Пугачев уже так высоко залетел, что, когда его схватили и посадили в железную клетку, чтобы везти в Москву, сам Суворов смотрел за тем, чтобы он не сбежал. На одном из ночлегов изба, где держали Пугачева, загорелась. Его вывели на улицу, привязали к телеге, и Суворов ночью проверял, хорошо ли его караулят.
В Москве Пугачева казнили. Тело его сожгли. Прах рассеяли из пушки. Самую память о нем Екатерина старалась рассеять. Было запрещено произносить его имя. Этот запрет все еще не был снят. Пугачева замалчивали. Пушкин первый занялся его историей и так увлекся, что сделал его героем «Капитанской дочки». Он передал сущность бунта, передал характер Пугачева с правдивостью историка Пушкин судил людей и события с художественной сдержанностью. И в повести, и в историческом своем исследовании Пушкин изобразил Пугачева не как свирепого зверя, даже не как преступника. Это просто казак, быстрый на язык, полный юмора, сметливый и отважный, лукавый и дерзкий, веселый гуляка, то жестокий, то добродушный, способный отплатить добром за услугу и простить смелое слово. Его размах подкупал Пушкина. В этом буйном, грубом русском разбойнике почуял он свойства вождя. Поэта, когда-то увлекавшегося романтическими пиратами Байрона, заняла могучая фигура казака-революционера Но, подводя итог Пугачевщине, Пушкин писал: «Не приведи Бог видеть русский бунт, бессмысленный и беспощадный!»