Большим воспитательным новшеством было то, что для прогулок, игр, физических упражнений отводилось гораздо больше времени и внимания, чем это было принято в других русских школах. Жизнь текла размеренно. Раз навсегда установленный порядок соблюдался строго. «Вставали мы по звонку в 6 часов, одевались, шли на молитву в зал. Утреннюю и вечернюю молитву читали мы вслух, по очереди. От 7–9 класс. В 9 чай. Прогулка во всякую погоду до 10. От 10–12 класс. От 12–1 прогулка. В час обед. От 2–3 или чистописание или рисование. От 3–5 класс. В 5 чай. До 6 прогулка. Потом повторение уроков или вспомогательный класс. В половине девятого звонок к ужину. До 10 в зале мячик и беготня. В 10 вечерняя молитва и сон»
Пушкин на всю жизнь сохранил эту привычку рано вставать. Утро было его рабочим временем.
Но среди этих правил и установленных порядков лицеисты совсем не чувствовали себя в тисках. Письма, писанные из Лицея первокурсником Илличевским к его приятелю Фуссу, отражают жизнь, полную движения и молодого простора: «Учимся в день только 7 часов и то с переменами, которые по часу продолжаются. На местах никогда не сидим, кто хочет учится, кто хочет гуляет. Уроки, сказать по правде, не весьма велики, в праздное время гуляем, а нынче начинается лето и мы с утра до вечера в саду, который лучше всех летних петербургских»
Хорошо, даже с размахом была поставлена научная часть. Лицеистов хотели научить решительно всему. Программа была так разнообразна, что граф А. К. Разумовский еще до открытия Лицея резко осудил ее «за множество и важность предметов», особенно не одобрил за астрономию, греческий язык и философию. «История мнений философических о душе, идеях и мире, большею частью нелепых и противоречащих между собой, не озаряет ума полезными истинами, но помрачает заблужденьями и недоуменьями… Понятия смешанные, скороспелые, кои такого многоведа сделают скорее несносным и вредным педантом, нежели основательным знатоком». Записка эта, составленная, вероятно, графом Жозефом де Местром, влияния не имела. Философия осталась в длинном списке лицейских наук, куда вошли: «психология, военные науки, политическая экономия, эстетика, энциклопедия права, математика, французская и немецкая риторика, история, география, статистика, латынь, русская словесность, рисование, фехтование, танцы, верховая езда, и по возможности архитектура и перспектива, как искусства, в общежитии необходимые».
Изумительнее всего, что при такой программе за шесть лет лицеисты все-таки многому научились. Главное, научились любить знание, литературу, книги. Их не мучили уроками, самостоятельная умственная жизнь не преследовалась, а поощрялась. Состав наставников был подобран исключительно удачно. Нелегко было найти в неграмотной стране образованных, даровитых педагогов. Ученье на Руси еще только начиналось. Гимназий не было. В Московском университете, этом рассаднике русского научного образования, профессора с трудом пробивались через непривычные научные дебри. Преподаватель практического законоведения говорил на лекциях московским студентам: «Конституция, господа, есть то, что русскому не к роже». Профессор психологии, Брянцев, так определял душу: «Душа – это безусловное условие всего условного». А. И. Тургенев, описывая состояние московских ученых обществ, жаловался: «О русской истории должен писать профессор физики Снегирев, который, кроме толкования о семи таинствах, ничего не знает, несмотря на то, что читает антропологию. Гаврилов объявил в печатном каталоге, что он будет учить русскому стилю по Бате и Гердеру. Но прикроем наготу свою Карамзиным, Жуковским, Дмитриевым, Мерзляковым…»
Только за восемь лет перед открытием Лицея был издан приказ профессорам, как русским, так и иностранцам, читать лекции по-русски. Несколько лет спустя А. И. Тургенев радостно писал из Петербурга в Геттинген брату своему Николаю: «В здешнем Педагогическом Институте иначе и не преподают ни одной лекции, как на русском языке. Даже и политическая экономия преподается теперь на русском»
Еще не было ни русских ученых, ни русского научного языка. Усилия всех даровитых писателей были направлены на то, чтобы освободить литературный язык от галлицизмов, германизмов и славизмов.