Следует вкратце рассказать о том, как выглядела, согласно описанию Ямвлиха, пифагорейская школа, которая произвела такое большое впечатление на потомков. Пифагорейская школа предполагала прежде всего тщательный и, как сказали бы сейчас, дифференцированный отбор, и такой же дифференцированный принцип соблюдался и при обучении. Пифагор интересовался прежде всего не умственными способностями, как современные педагоги, занимающиеся тестированием, а нравственными качествами будущих учеников, и долго и внимательно изучал характер будущих учеников, а затем предписывал им пятилетнее молчание, так как последнее считалось труднейшим видом воздержания. Ученик, выдержавший это и некоторые другие испытания, принимался в обучение и, отдав свое имущество в общее пользование, становился членом общины. Общим же имуществом распоряжались специально назначенные для этой цели экономы (гл. XVII, гл. XX). Оно становилось общим потому, что у пифагорейцев главным принципом был принцип "у друзей все общее", и Ямвлих в главе XXXIII подчеркивает особую роль дружбы в пифагорейской школе и системе воспитания, причем Пифагор понимал дружбу очень широко — как дружеское согласие всех частей мирового целого, начиная от первоэлементов, из которых слагается человеческое тело (и тело космоса тоже), продолжая дружеским согласием членов отдельных семей, затем дружеским согласием совокупности семейств и домохозяйств, из которых слагается полис, город-государство, и заканчивая дружеским согласием народов и государств между собою, и все это — в подражание дружескому согласию и хороводу небесных светил, который подобен хороводу Муз и которым руководит бог Пифагора Аполлон. Ученики Пифагора не представляли, однако, при всем их стремлении к общности, одну общую массу, так как соблюдалось строгое различение и разграничение: те, кто преуспели в занятиях, назывались "математики" ("познаватели"), а те, кто отстали от них, — "акусматики" ("слушатели"). Обучение велось с помощью символов и иносказаний, что делало его содержание недоступным для непосвященных и предохраняло учение от профанации и опошления. На первоначальной стадии обучения главной целью было очищение души, освобождение ее от страстей, о чем мы уже упоминали выше. Кроме исправления души музыкой и применения различных видов воздержания, сюда входило выполнение чисто этических требований, как то: уважение старших, почитание богов, принцип справедливости по отношению ко всем, включая неразумных животных, и в этой связи требование не причинять вреда ничему живому, а также соблюдение верности договорам. Немалая роль в пифагорейской школе отводилась тренировке памяти. О способах этой тренировки Ямвлих подробно рассказывает в главе XXIX . Особенно придирчивы были пифагорейцы в отношении пищи, так как, согласно Пифагору, "все, что употребляется в пищу, порождает какое-нибудь особенное состояние души" (XXXI). Они, прежде всего, отказывались от употребления в пищу одушевленных существ, так как это употребление, по их мнению, связано с причинением вреда этим живым существам и самим себе, потому что мясная пища, считали пифагорейцы, увеличивает беспорядок в душе (XXXI).
Проводят аналогии между пифагорейской школой и монашескими братствами или же масонскими ложами. Однако у пифагорейцев, в отличие от членов монашеских братств, слишком большую роль играла культура тела, которое, по пифагорейским представлениям, вовсе не является греховным, а скорее подлежащим преображению и гармонизации. Кроме того, они активно участвовали в политической жизни, в судебной и законодательной деятельности, а не уходили от мира в скиты и монастыри. Аналогия же с масонскими ложами несостоятельна потому, что пифагорейский союз был скорее похож на религиозный орден, так как охватывал почти всю Южную Италию и Сицилию, и к тому же деятельность пифагорейцев была совершенно открытой и лишенной ореола таинственности, которая в деятельности масонских лож преобладает над всем остальным, и часто ею все и исчерпывается. Аналогия же с религиозным орденом также нуждается в уточнении, так как пифагорейцы агрессивностью не отличались и принудительным распространением своего вероучения и образа жизни среди других народов не занимались — скорее, наоборот, считали подобную деятельность излишней ввиду неподготовленности людей к восприятию их учения. Вообще во всех явлениях античной религии и культуры ощущается бездна такта и уважения к чужой вере, которые в позднейшее время сменились христианской истерией индивидуального и коллективного душеспасения, сопровождавшейся, как правило, поруганием чужой веры. Это преимущество религии древних хорошо выразил "русский эллин" Тютчев, который однажды воскликнул: "Где вы, о древние народы? / Ваш мир был храмом всех богов", — а в следующих двух строчках обозначил преимущество и античной науки перед современной: "Вы книгу матери-природы / Читали ясно, без очков!"