Когда мальчику исполнилось десять лет, отец задумал отдать его в Лебедянское духовное училище. В Лебедяни жило семейство деда по материнской линии – протопопа И. А. Щепотьева, с сыном и племянником которого Александр быстро сдружился. Каноны богословия Левитов осваивал без особого труда, так как обладал блестящей памятью. Свободное время мальчик посвящал чтению книг в библиотеке деда, увлекался поэтическим творчеством. Успешно проучившись большую часть года, он получил разрешение осваивать науки дома и приезжать из родного села только для сдачи экзаменов. Таким образом, постижение азов церковного образования проходило для него необременительно и не сдерживало его возвышенной натуры.
Окончив училище, Левитов продолжил образование в Тамбовской губернской семинарии, где несколько лет находился в обстановке беспредельных унижений. В рассказе «Петербургский случай» он описывал эту среду тупой жестокости и бессмысленного доносительства, где обитало «коростовое стадо разношерстных ребятишек, голодных и потому воровавших у всякого все, что только попадало под руку; беспризорных и потому по-зверски изодравшихся; без хороших руководящих примеров и, следовательно, в самом детстве уже обреченных на гибель… Шипенье гибких двухаршинных розог, рев десятка детей, которых в разных стойлах полосовали ими…»
Литературные занятия и поэтические опыты Левитова, увлечение его «светскими» книгами таких авторов, как Шиллер, Диккенс, Гете, Теккерей, Грибоедов, Лермонтов, Гоголь, вызывали недовольство «богомудрых» педагогов, видевших в этих пристрастиях «вернейший признак злохудоженой души». «Преступное», с точки зрения семинарского начальства, чтение стало предметом слежки за Левитовым и его единомышленниками. «Меня обвинили, без суда и следствия, – вспоминал он позже, – в приводе на квартиру женщин, в непотребном ругательстве своего начальника и приговорили к восприятию розог…С минуты приглашения меня и всего класса в экзекуторскую, я потерял сознание… Что было потом, я не знаю; знаю только, что я был приговорен к смерти; у меня открылась нервная горячка, и я очнулся только через месяц, и в больнице…»
В 1855 г. он бросил семинарию за год до ее окончания и решил отправиться в Москву, чтобы поступить в университет. За неимением средств он прошел почти 500 верст пешком, зарабатывая себе на пропитание случайными заработками. Но в число студентов Левитов зачислен не был и решил стать слушателем Петербургской Медико-хирургической академии.
На помощь из дома он более рассчитывать не мог: мать его внезапно умерла, отец вторично женился и оставил не только Александра, но и младших детей без материальной поддержки. Перебиваясь с хлеба на воду, Левитов в течение двух лет скитался по петербургским «комнатам
Он был обаятельным человеком и приятным собеседником. Как писал один из его друзей, «наружность Левитов имел весьма симпатичную; немного выше среднего роста, тонкий и стройный, с овальным лицом, щеки которого горели ярким румянцем, и длинными белокурыми волосами, падавшими локонами по самые плечи; глаза серые, вдумчивые и светившиеся умом; голос у него был грудной тенор, тихий, певучий и глубокий, словно он исходил из самого сердца!»[7]
Деятельность кружка вызвала неприятие охранного отделения, а Левитова, которому свойственны были обостренная впечатлительность и горячность в суждениях, в ноябре 1856 г. арестовали и препроводили в Вологду, а затем небольшой городок Архангельской губернии Шенкурск. В течение двух лет он находился в ссылке, исполняя там обязанности фельдшера, чтобы компенсировать Медико-хирургической академии казенные деньги, выплаченные ему ранее в качестве стипендии.