Иоанн, по мнению Лессинга, также знал и использовал как этот основной сборник, так и евангелия, извлеченные из него, и, в частности, те три первые евангелия, которые имеются у нас; тем не менее его евангелие не может быть причислено к их группе, а представляет собой совершенно обособленный тип. Иоанна не удовлетворяли наличные евангелия и то представление о Христе, которое ими создавалось, поэтому он старался не дополнять их новым материалом (его евангелие не производит впечатления простого сборника добавочных рассказов), а облагородить, возвысить личность Христа, представить его метафизически в роли посредника между Богом и людьми, а не в образе лишь величайшего пророка, или Сына Божия в смысле иудейских представлений о Мессии. И только благодаря такому метафизическому представлению о Христе христианство не выродилось с течением времени в простую иудейскую секту; только Иоанново евангелие и сообщило христианской религии прочность и содержательность. Таким образом, Евангелие от Матфея противостоит Евангелию от Иоанна, как плоть духу, а если на стороне "плоти" стоят еще два других евангелия и "плотское" евангелие вследствие этого является трехликим и если церковь из целой массы однородных евангелий признала только эти три евангелия (Матфея, Марка, Луки), то это обстоятельство, по мнению Лессинга, объясняется тем, что Евангелия от Марка и от Луки во многих отношениях как бы заполняют собой ту пропасть, которая существует между Евангелиями от Матфея и от Иоанна, и что Марк был учеником Петра, а Лука - учеником Павла. Этим же соображением объясняется и тот порядок, в котором располагаются четыре евангелия в каноне, ибо ничем не доказано мнение, что они возникли в этой именно хронологической последовательности.
Если Лессинг обратил внимание в большей мере на происхождение и родственную близость первых трех евангелий, чем на своеобразие четвертого евангелия, то благодаря Эйхгорну на авансцену критического анализа выдвинулся вопрос о том, как следует объяснить взаимоотношение этих трех евангелий. Впервые Эйхгорн изложил свою точку зрения в 1794 году в 5-м томе своей "Всеобщей библиотеки", затем изложил ее в уточненном виде, с учетом появившихся за это время возражений, в своем "Введении в Новый завет". При этом приходилось разрешать, как было сказано, два вопроса: о сходстве евангелий и об их различии. По мнению Эйхгорна, единомыслие трех историков-евангелистов в выражениях и сущности повествований и в последовательности развития мыслей и событий, которое мы находим в наших трех евангелиях, можно объяснить только использованием определенных письменных документов. В этом отношении можно предположить два случая: либо один евангелист заимствовал у другого, либо все евангелисты вместе черпали из одного источника. Согласно Эйхгорну, первый случай неприемлем потому, что он нам объясняет лишь единогласие, а не разногласие евангелистов. Если Марк приноровлялся к Матфею, а Лука к Марку или к обоим евангелистам, то почему преемник опускал многое из того, что рассказал предшественник, почему он многое изображал и истолковывал иначе, почему он изменял, без всякой видимой причины, даже простые выражения? Наоборот, предположение о том, что все три евангелиста черпали из одного общего источника, удовлетворительно объясняет обе стороны их взаимоотношения. Их единогласие объясняется использованием одного и того же "первоначального" евангелия; но они им пользовались не прямо и непосредственно, а каждый перерабатывал его по-своему, поэтому они и стали отклоняться друг от друга. Эйхгорн пытался воссоздать это "первоначальное" евангелие, вычеркивая все то, в чем три евангелия расходились между собой, и оставляя лишь то, что в них было общего и одинакового; таким образом у него получился "первичный" грубый эскиз в виде краткого руководящего конспекта, который был составлен, по мнению Эйхгорна, при содействии апостолов на арамейском языке, служил пособием для первых распространителей вероучения, дополнялся впоследствии разными лицами и наконец был переведен на греческий язык. Если предположить, что из таких обработок одна служила для одного евангелиста, а другая - для другого, то станет понятным, почему у одного есть то, чего нет у другого или имеется в ином виде; ясно, что все недостающее отсутствовало также и в использованном ими прототипе евангелия или имелось там в другом виде; понятным станут также и отличия греческих выражений при общем сходстве повествований, если предположить наличие несходных греческих переводов. Наоборот, если двое или трое евангелистов сходятся на случайно подобранных словах, то это объясняется предположением, что и "первоначальное" евангелие имелось в греческом переводе и что переводчик сверял свой перевод с наличными вариантами его.