Вавилония, или Нововавилонская держава, ставшая наследницей Ассирийской державы, включала в себя почти всю Месопотамию, Сирию, Финикию, Палестину, часть Аравийского полуострова и Восточную Киликию. Весной 539 г. до Р. Х. персидская армия выступила в поход и начала продвигаться вниз по долине реки Диялы. Лето было потрачено персами на сложные земляные работы у реки Гинд. Тем временем вавилонский царь Набонид успел хорошо подготовиться к войне. Вавилония имела много мощных крепостей, из которых особенно выделялся своей неприступностью Вавилон. Решительное сражение между персами и вавилонянами произошло в августе 539 г. до Р. Х. у Описа на Тигре. Кир Великий одержал здесь убедительную победу, потом осадил Вавилон. Но жители Вавилона запаслись продовольствием и готовы были выдержать любую осаду. Штурмовать же крепости персы не умели, они привыкли встречаться с противником в открытом поле. Геродот рассказывает, что персидский царь придумал военную хитрость. Кир заметил, что через город течет Евфрат, и приказал своим воинам выкопать канал, чтобы отвести реку в другое русло. Евфрат сразу же обмелел, вода доходила людям лишь до колен. По руслу реки персидское войско проникло в город.
Кир обошелся милостиво, сохранив жизнь царю Набониду, он только удалил его из Вавилонии, назначив сатрапом Кармании. Персидский царь велел вернуть идолов богов, вывезенных Набонидом из храмов покоренных городов. Многие храмы, разрушенные ассирийцами и вавилонянами, были при нем восстановлены. Местная вавилонская знать в основном сохранила все свои привилегии.
С начала 538 г. до Р.Х. Кир начинает именовать себя царем Вавилона. Вслед за столицей персам подчинились и вавилонские провинции. В 538 г. Кир разрешил евреям, которых некогда увел в плен вавилонский царь Навуходоносор, возвратиться в Палестину и восстановить развалины иерусалимского храма.
Когда изучаешь историю войн, то приходишь к выводу, что победа в войне зависит не от экономики страны, не от численности войск, а от какого-то случая, а точнее, от промысла Божия. Как сказано в Евангелии:
Господин случай в конце концов сыграл злую шутку с самим Киром. В 530 г. до Р.Х. Кир, сделав своего сына Камбиса царем Вавилона, выступил в очередной поход на Восток. Свой последний поход Кир Великий предпринял против массагетов — кочевников, обитавших в степях между Аральским и Каспийским морями, на северо-восточных границах его державы. Здесь удача, так долго улыбавшаяся персидскому царю, ему изменила: во время сражения на восточном берегу Амударьи Кир потерпел сокрушительное поражение и погиб.
Геродот так рассказывает о гибели царя Кира. Правила над массагетами царица Томирида. Кир послал к Томириде послов, предлагая ей стать его женой. «Но Томирида поняла, что Кир сватается не к ней, а к царству массагетов, и отвергла предложение», — говорит Геродот. Тогда Кир повел свои войска к той реке, за которой кончается Персия и начиналась степь, и стал готовить переправу.