И все же Жорес считал, что религия не такое простое дело, как это показывал его современник Лео Таксиль, остроумно изобразивший в своих нашумевших книгах историю религии и ее догматы в виде наглого и забавного жульничества. Жорес даже как-то стеснялся говорить о христианстве на ходу, он считал невозможным разделаться с ним простой схемой или фразой. Жорес, как никто другой, хорошо знал, что двухтысячелетняя история христианства тесно переплетается с прогрессивным развитием цивилизации, что религия не только боролась против свободной мысли, но вынуждена была насаждать грамотность, книгопечатание. Величайшие произведения мировой литературы и искусства воплощались в религиозных образах. Облик мадонны был для него не только иллюстрацией к религиозной легенде, но и глубоко жизненным символом реального чуда существования рода человеческого, а мученический образ Христа казался ему олицетворением тяжких мучений многих поколений тружеников, римских рабов или современных ему пролетариев, покорно идущих крестным путем каторжного труда, унижений и несправедливости. Жорес находил в канонической литературе, в произведениях отцов церкви, в трудах таких христианских мыслителей, как Фома Аквинский, этические принципы, близкие к его собственным моральным устоям. Жорес был знатоком такого рода книг; он постоянно обращался к ним, критически осмысливая корни и сущность христианского вероучения.
Даже в разгар ожесточенных схваток с клерикалами Жорес указывал на противоречивую, двойственную природу религии. Настаивая на отделении церкви от государства, он говорил:
— Христианство одновременно сковало и расковало человека, привязывая его к формам абсолютизма и возбуждая в нем смелость чудесной мечты, путая абстрактную логику сложной комбинацией мученика и палача, интеллектуального рабства и страстного порыва, инквизиторской жестокости с мистической нежностью, сочетанием сияния утренней звезды с мрачным пламенем костра.
Он сравнивал религию с песней, которая убаюкивала человеческое горе. И он думал, что нелепо считать эту песню пустой выдумкой корыстных людей, что эта колыбельная песня, звучащая две тысячи лет, соответствует каким-то объективным потребностям человека в утешении, откровении, милосердии, в исповеди и приобщении. Жорес восхищался чудесными образцами церковной архитектуры, которых так много во Франции, но он же и говорил, что Христа выгнали бы из этих храмов, если бы он там заговорил. Однако он помнил старинную поговорку, что «черт издавна строит лучшие церкви»: он знал, как нагло клерикалы используют моральные ценности христианства для обмана масс, для поддержания несправедливого и жестокого строя частной собственности.
И все же Жорес выступал за необходимость религии как формы общности человека с окружающим миром, как выражения смысла человеческой жизни, как воплощения его идеалов. Может быть, Жорес, подобно Льву Толстому, стремился к основанию новой религии, соответствующей потребностям человечества, христианской религии, очищенной от суеверия и таинственности, от преступлений церкви, религии, не обещающей загробное блаженство, но указывающей путь к достижению счастья на земле? Нет, Жорес отвергал христианство и порицал Толстого за то, что он принимал Евангелие как книгу бога, не учитывая исторически преходящую природу этой книги, составленную из туманных и противоречивых древних сказок. Жорес считал необходимым превратить религию из высшей силы по отношению к реальной жизни в сущность самой жизни. А сделать это может только социализм, который, по словам Жореса, «все более и более становится великим живым единством и оказывает все более и более многостороннее влияние на жизнь. От него в настоящее время ждут обновления и расцвета все великие силы человечества: труд, мышление, наука, искусство и даже религия, рассматриваемая как подчинение вселенной человечеству».
Жорес воспринял у Маркса теорию научного социализма, материалистическое истолкование истории, идею классовой борьбы и освободительной миссии пролетариата, социальной революции. Но в отличие от догматических истолкователей Маркса он считал, что переворот в социальных отношениях и в политике недостаточен, что необходимо коренное преобразование духовной жизни человека, справедливо полагая, что эту духовную жизнь невозможно грубо подвести под экономическую формулу, что она неизмеримо сложнее, он думал, что ее нельзя создавать только в виде логической конструкции, не учитывая подсознательных, эмоциональных свойств человека. Содержанием духовной жизни человека и должно было явиться то, что Жорес условно называл обновленной религией. Его религия — это социалистическое мировоззрение, социалистическая мораль в поэтической, эмоциональной форме.