Начал уже Николай Дмитриевич и свои блестящие работы в области каталитических процессов я работы по изучению белковых веществ.
Всего с 1894 по 1911 год было опубликовано около 200 научных работ Николая Дмитриевича, как личных, так и в соавторстве с учениками и сотрудниками.
И тем не менее «доброжелатели» оказались правы: в Москве профессору Зелинскому места не нашлось. Репутация его была испорчена.
Почти год Зелинский не мог найти работы. В этот период он оставался только лектором Высших женских курсов. Мизерное жалованье, получаемое за эти лекции, да скромный заработок Евгении Павловны, как концертмейстера, являлись единственным источником существования семьи.
Пришлось расстаться с университетской квартирой и переехать в маленькую квартирку на Пречистенке. Мебель у Зелинских была громоздкая, в новой квартире не умещалась. Особенно трудно было уместить два концертных рояля Евгении Павловны.
Евгения Павловна перемены переносила спокойно. Человек, всецело увлеченный искусством, она вообще мало обращала внимания на житейские мелочи.
Вскоре, однако, последовало приглашение товарища министра финансов Новицкого занять должность заведующего Центральной химической лабораторией министерства в Петербурге.
Еще в начале 900-х годов Николай Дмитриевич организовал Центральную лабораторию министерства финансов в Москве. Эта лаборатория была приспособлена не только для специальных потребностей ведомства, но и для серьезной научной работы. Заведующим этой лабораторией стал ученик Николая Дмитриевича — Дорошевский. Сам же он был ее консультантом.
Теперь Зелинскому предстояла организация такой же лаборатории. Впоследствии, уже работая в Петербурге, Николай Дмитриевич писал своему ученику А. В. Раковскому:
«…Мне очень приятно, что Центральная лаборатория в Москве оправдывает свое назначение в двух направлениях — служба непосредственно для разрешения вопросов государственного хозяйства, а параллельно служба тем же интересам на почве научной работы. Я был прав, следовательно, доказывая и требуя в свое время, чтобы Центральная лаборатория министерства финансов в Москве была вполне оборудована и для ведения специальных научных работ…»
Николай Дмитриевич с грустью покидал Москву. Особенно трудно было ему и на время расстаться с семьей. В Петербург он выезжал пока один.
Из Петербурга Николай Дмитриевич писал жене:
«…Приглашение в лабораторию надо принять, так как, по-видимому, положительно решится вопрос о Политехническом институте, а без Политехнического института одной лаборатории было бы мало…»
Н. Д. Зелинский в своей лаборатории в Московском университете в 1911 г.
Н. Д. Зелинским среди своих учеников после ухода из Московского университета в 1911 г.
«Сеятель». Карикатура Д. Моора из журнала «Будильник» за 1911 г. Сопровождалась подписью: «Кассо: «Университетскую ниву я вспахал основательно; теперь, детки, ваша очередь, сейте благонадежное, тихое, вечное, сейте, спасибо вам скажет сердечное русский народ».
Профессор Зелинский, любивший педагогическую работу не меньше, чем исследовательскую, не мог, конечно, ограничиться одной лабораторией. Ему нужна была молодежь, жадно ищущая знаний, ему нужна была кафедра, с которой он мог бы говорить с нею. Н. Д. Зелинский был зачислен в Политехнический институт по кафедре товароведения. Вскоре Евгения Павловна получила от него письмо:
«Дорогая Женечка! Завтра у меня первая лекция. Надо бы вдохновиться, а тебя нет, моей музы. Не хватает мне твоего любящего сердца. Ты хоть думай обо мне от 2-х до 4-х, когда буду читать…»
Николай Дмитриевич решил окончательно обосноваться в Петербурге. Он вернулся в Москву за семьей.
Делая прощальные визиты московским друзьям и знакомым, Николай Дмитриевич заехал в Мертвый переулок. Здесь, в старом невзрачном доме, поселился Петр Николаевич Лебедев. Талантливейший физик, самозабвенно увлеченный наукой, он принадлежал к передовой профессуре, активно выступавшей против произвола царских чиновников. В одной из своих статей Лебедев писал: «Русский ученый поставлен в особенно тяжелые условия благодаря своей крепостной зависимости от учебных учреждений, и если мы теперь… с жутким чувством читали воспоминания о том, как баре помыкали своими крепостными… то, может быть, с таким же жутким чувством наши потомки через пятьдесят лет будут читать воспоминания о той учебной барщине, которую отбывали Менделеевы, Сеченовы, Столетовы и ныне здравствующие крупные русские ученые, чтобы оплатить возможность прославить Россию своими открытиями».
Уходя из университета, Лебедев, как и Зелинский, потерял все: средства к существованию для себя и семьи, учеников, лабораторию, возможность продолжать работу, ставшую для него смыслом жизни.
Петр Николаевич встретил Зелинского на пороге своего «нового лебедевского подвала». Так прозвали друзья и знакомые новую физическую лабораторию, устроенную в подвальном этаже. Помещение было мрачное, сырое, неудобное для работы.
— Не могу вас поздравить с новосельем, — сказал Николай Дмитриевич.
Лебедев улыбнулся: