Уже после войны в письме, опубликованном в первом номере «Военно-исторического журнала» за 1962 г., П. К. Пономаренко сокрушался:
В результате, стихийно возникавшие из окруженцев и местных сторонников советской власти партизанские отряды оказались без запасов продовольствия и вооружения. Им недоставало и кадров, имевших опыт борьбы в тылу врага. Многие специалисты по партизанскому движению погибли в ходе репрессий 1937–1938 гг.
В первые месяцы войны значительная часть населения видела в немцах освободителей от большевиков. Оставшиеся во вражеском тылу отряды красноармейцев, которым посчастливилось избежать плена, испытывали острую нужду в боеприпасах и продовольствии, не успели установить связь с Москвой.
Но уже к зиме 1941–1942 гг. засланные из-за линии фронта специальные небольшие партизанские группы, авторитетные командиры и комиссары сумели сколотить первые отряды, причинявшие немцам немалое беспокойство. Да и разочаровавшиеся в оккупантах местные жители стали помогать партизанам, пополняя их ряды или добровольно снабжая продовольствием и теплой одеждой. Поражение немецких войск под Москвой способствовало развитию партизанского движения. Многим стало казаться, что немцы скоро покатятся назад к границе под мощными ударами советских войск.
Москва сразу же постаралась поставить партизанское движение под свой контроль. Сначала им руководили Военные советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и подпольные обкомы оккупированных областей РСФСР.
30 мая 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П. К. Пономаренко. К тому времени выяснилось, что партизанские отряды могут получать оружие, боеприпасы и продовольствие преимущественно по воздуху. Центральный штаб в этом отношении располагал большими возможностями, чем командование отдельных фронтов, — он мог привлекать транспортную и авиацию дальнего действия.
Кроме того, в сентябре 1942 г. главнокомандующим партизанским движением был назначен Климент Ефремович Ворошилов, которому подчинялся Центральный штаб партизанского движения. Однако, очень скоро выяснилось, что аппарат главнокомандующего и аппарат штаба дублировали друг друга, а Климент Ефремович превратился в еще одну промежуточную инстанцию между Центральным штабом партизанского движения и Ставкой. Поэтому уже в ноябре 1942 г. его пост был упразднен.
Впоследствии Центральный штаб претерпевал всевозможные изменения: был расформирован, снова воссоздан и только 13 января 1944 г. окончательно упразднен. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них — Белорусский.
Освобождение советской территории шло быстро, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной Армии, а также снабжать партизан всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные поражения партизанских отрядов Белоруссии накануне изгнания врага из республики.