4 марта 1849 года Пущину было разрешено приехать
В конце мая Пущин писал в Ялуторовск, что ему удается иногда «собирать всю тамошнюю колонию воедино».
Поездка Пущина в Иркутск была вызвана болезнью, но не только ею; из его писем видно, как глубоко волновали Пущина революционные события в Западной Европе и аресты участников кружка М. В. Петрашевского в Петербурге. Даже в тех письмах, которые пересылались с оказией, не было возможности изложить все, что хотелось. Поездка в Иркутск дала возможность свободно поговорить с товарищами по ссылке и сибирскими друзьями о всех волновавших его вопросах.
Сердце деятельного участника восстания 14 декабря забилось надеждой: может быть, пришла пора отечеству освободиться от горестного состояния. За выражениями о «комюнистах»-петрашевцах, на первый взгляд скептическими, видно сочувствие старого декабриста революционерам 40-х годов.
Выработанный в феврале 1848 года маршрут был значительно расширен Пущиным во время поездки. Он побывал в Селенгинске – у Бестужевых, в Петровском заводе – у Горбачевского, ео многих других местах поселения декабристов, заехал в Кяхту.
В письмах, посылавшихся друзьям sa время восьмимесячного отсутствия из Ялуторовска, Пущин сообщал обо всем, что с ним происходило и что он делал: собирал деньги для нуждающегося Д. А. Щепина-Ростовского, хлопотал через своих влиятельных родных в столице за В. И. Штейнгейля, просил в Тобольском губернском правления об улучшении положения ялуторовских учителей.
Имеются в путевых письмах Пущина отклики на политические события того времени. Так он выражал негодование по поводу «помощи», оказываемой Николаем I австрийскому императору для подавления национально-освободительного движения Венгрии, и возмущался «странной экспедицией» французов в Рим для содействия врагам национально-освободительного движения итальянцев.
Исполняя распоряжение А. Ф. Орлова, генерал-губернатор Восточной Сибири H. Н. Муравьев сообщил в III отделение, что поселенец Пущин отправлен 2 декабря 1849 года в Ялуторовск. Но вернулся он домой только под Новый год.
Прошло несколько лет. В столицах готовились к коронации Александра II, назначенной на август 1856 года. Родные декабристов, петрашевцев и других «преступников» ждали «милости» со стороны нового царя. Еще в начале года князь П. А. Вяземский посоветовал М. И. Пущину подать царю просьбу о разрешении его брагу вернуться в Россию, но царь отказал в этой просьбе, и Пущин получил амнистию вместе со всеми декабристами по манифесту 26 августа 1856 года.
Бывшим «государственным преступникам» позволили жить под надзором полиции всюду, кроме столиц. Но по просьбе сестры Пущина, Е. И. Набоковой, ему разрешили жить в Петербурге. Там он и прожил у сестры на пригородной даче и у брата Николая с 18 ноября 1856 года до мая 1857 года.
Товарищи по Лицею навещали Пущина. Друзья устраивали торжественные приемы в честь возвращенного декабриста, чествовали его. Это поддерживало его дух, но нажитые в Сибири болезни давали себя знать.
Больной, «настрадавшийся досыта», как он писал тогда Н. Д. Фонвизиной, Пущин продолжал заниматься делами Малой артели, собирал для нее деньги и рассылал их нуждающимся декабристам или семьям умерших участников движения, хлопотал при посредстве связей в правящей среде за И. Д. Якушкина и других декабристов, которым не разрешали жить в Москве. «Мы должны плотнее держаться друг друга, хоть и разлучены», – писал он М. И. Муравьеву-Апостолу из Петербурга.
Не забывал Пущин преемников дела декабристов – революционеров позднейших поколений, проявляя заботу о петрашевце Дурове, стараясь облегчить М. А. Бакунину пребывание в Сибири после освобождения его из крепости.
После долгих раздумий и колебаний Пущин решил соединитьсвою судьбу с H Д. Фонвизиной, вдовой декабриста. Свадьба состоялась 22 мая 1857 года в подмосковной деревне одного из его друзей.
Биограф Пущина, профессор К. Я. Грот, писал о браке Пущина с Фонвизиной: «К этому побудили его, главным образом, семейные обстоятельства, а также, без сомнения, и чувства симпатии к той, которую он знал еще в ссылке и которая пожелала теперь, в его трудном и беспомощном положении, стать для него опорой во всех отношениях». Надо добавить, что пятидесятидвухлетняя Наталья Дмитриевна в браке с Пущиным вовсе не жертвовала собой, как пишет в воспоминаниях о ней М. Д. Францева. Подобно тому, как Пущин в Наталии Дмитриевне, так и Фонвизина искала в нем нравственную поддержку для себя. К Пущину ее влекло и чувство многолетней симпатии.
Пущин поселился в Марьине, но дети его, дочь н сын, родившиеся в Сибири, продолжали жить отдельно.
По возвращении в Россию Пущин сочувственно следил за революционно-пропагандистской деятельностью А. И. Герцена и за его «Колоколом».