На обломках фюзеляжа четко виднелись голубые полосы, которые начинались в районе задней кромки крыльев и заканчивались на вертикальном оперении. Похоже, что какой-то предмет скользнул вдоль левого борта самолета, а затем ударил его по хвосту. Химический анализ остатков краски, взятый с поверхности царапин показал, что ее состав полностью совпадает с составом краски, использовавшейся для окрашивания пассажирских кресел. Крошечный кусочек коврового покрытия, застрявший в трещине на киле самолета подтверждал этот вывод. Царапины были также обнаружены на верхней поверхности левого крыла. Краска, оставшаяся в поврежденных местах, соответствовала той, которая применялась для отделки носовой части фюзеляжа. Эти открытия могли означать только одно: в момент разрушения пассажирской кабины крылья оставались на месте. В конце июня в Фарнборо переправили обломок фюзеляжа, рваные края которого полностью совпадали с царапинами на крыле. Уверенность следственной комиссии в том, что самолет развалился на части уже после того, как разрушился фюзеляж, еще больше возросла.
Все внимание сконцентрировалось на поиске слабых мест в конструкции фюзеляжа. Но инженеры «Де Хевиленд», принимавшие самое активное участие в работе комиссии Арнольда Халла, не могли поверить, что после исключительно жестких прочностных испытаний, которым подверглись прототипы «Кометы», ее фюзеляж мог быть подвержен усталостному разрушению. Тогда была выдвинута гипотеза, что недостаточно надежными оказались клеевые соединения панелей обшивки.
Пока ученые ломали головы над причиной разрушения фюзеляжа «Кометы» в полете, G-ALYU продолжал «летать» в своём бассейне. Все шло своим чередом, но однажды в конце июня 1954 года случилось нечто невероятное. Во время очередного «набора высоты» давление внутри фюзеляжа вдруг упало до нуля. Бассейн был немедленно осушен, и инженеры приступили к осмотру самолета. Оказалось, что в углу одного из иллюминаторов пассажирского салона образовалась трещина, в результате чего часть обшивки фюзеляжа в этом месте была вырвана давлением воды. Это сочли простой случайностью, самолет был срочно отремонтирован и вновь помещен в бассейн. Но не прошло и недели, как при рядовой попытке поднять давление внутри фюзеляжа стрелки манометров бессильно упали на нулевую отметку. На этот раз изумлению ученых не было предела: из левого борта «Кометы» G-ALYU был вырван кусок 2 х 1 м, и опять самым слабым местом конструкции оказался угол иллюминатора пассажирской кабины. Поверить в это было невозможно: «катастрофа» произошла после всего лишь 1800 «полетов» в бассейне, что соответствовало примерно 9000 часов в воздухе. Опыты с «полетами» в бассейне показали, что в расчетах инженеров «Де Хевиленд» крылась очень серьезная ошибка. Предполагаемая прочность «Кометы» оказалась сильно завышенной, а напряжение металла в местах вырезов в обшивке самолета (иллюминаторы, двери, ниши шасси) — гораздо большим, чем считалось ранее. В результате усталостное разрушение отдельных узлов самолета происходило на очень ранней стадии его эксплуатации.
Но повреждения G-ALYU не ограничились выломанным куском борта. При более тщательном изучении обшивки самолета удалось обнаружить едва заметные микротрещины вокруг так называемых «окон» приемных антенн автоматического радиокомпаса (АРК). Эти «окна» представляли собой два прямоугольных выреза в верхней части фюзеляжа, закрытые радиопрозрачным материалом. Подтверждением усталостной природы микротрещин служил тот факт, что трещины начинались в местах крепления обшивки заклепками. Может быть, именно здесь и таилась загадка гибели «Комет» G-ALYP и G-ALYУ? Но часть фюзеляжа машины G-ALYP, в которой были вырезаны «окна» АРК, все еще покоилась на морском дне неподалеку от Эльбы, поэтому все попытки доказать ее «виновность» оставались голым теоретизированием.