Несмотря на перегруженность дирижабля, экипаж «R-101» был очень доволен его летными качествами, чего нельзя было сказать о командирских качествах майора Скотта. Сомнения в его способностях управлять таким большим воздушным судном начали получать свои худшие подтверждения. Между офицерами «R-101» и Скоттом появилась и начала усиливаться взаимная неприязнь. Когда дирижабль возвращался из своего второго полета с лордом Томсоном на борту, Скотт, видимо решив продемонстрировать свое мастерство, занял место командира Ирвина на мостике «R-101» и стал руководить причаливанием к мачте. Конечно, это операция не из легких, особенно для корабля длиной с два футбольных поля, но майор Скотт на глазах у многотысячной толпы и язвительных журналистов сделал из себя посмешище, потратив на швартовку 2 часа 20 минут. Всем стало очевидно, что прошлые заслуги и опыт сами по себе не являются гарантией профессионализма. Командир и старший офицер «R-101» были явно разочарованы в своем начальнике и, как выяснится в дальнейшем, не в последний раз.
Между тем испытательные полеты «R-101» продолжались, и каждый раз на борту оказывались высокопоставленные гости, которые своим присутствием только осложняли работу экипажа. На людях начала сказываться та огромная нагрузка, которую им приходилось нести и во время полетов, и тогда, когда корабль был пришвартован к мачте. Майор Скотт постоянно вмешивался в действия командира и офицеров, чем создавал на мостике нервозную обстановку, которая никак не способствовала установлению нормальных отношений между ним и экипажем.
11 ноября жестокий шторм пронесся над Англией. Он вызвал значительные разрушения на берегу и нанес серьезный урон судоходству. Но «R-101», пришвартованный к мачте, перенес ураган на удивление легко. Даже в те моменты, когда порывы ветра достигали скорости 140 км/ч, дирижабль лишь плавно покачивался, словно рыбацкая лодка на утренней зыби. Экипаж уверенно контролировал положение корабля в воздухе, и расчеты на то, что воздушный корабль подобных размеров в состоянии противостоять любой стихии, получили наилучшее подтверждение. Но настроение у команды и конструкторов «R-101» было совсем не праздничным. Шторм выявил серьезный конструктивный недостаток дирижабля — недостаточную жесткость крепления баллонетов с газом внутри корпуса. Во время изменения положения корабля они сдвигались со своих мест и входили в соприкосновение с выступающими элементами конструкции. Это вызвало многочисленные разрывы оболочки баллонетов и, соответственно, утечку водорода. Если бы «R-101» получил аналогичные повреждения во время полета над океаном или пустыней — катастрофы было бы не избежать.
До начала модернизации «R-101» успел выполнить 7 испытательных полетов, которые подтвердили его хорошую устойчивость и управляемость, высокую экономичность и надежность дизельных моторов. Но проблема перетяжеленности конструкции требовала своего решения, и дирижабль вернули в эллинг. Команда инженеров из Кардингтона прилагала все усилия для того, чтобы обеспечить «R-101» требуемые характеристики дальности и грузоподъемности. Было решено пойти сразу по двум направлениям — увеличить объем водорода в баллонетах за счет ослабления их такелажа и максимально снизить вес конструкции. У первого пути были свои противники. Помощник главного конструктора «R-101» Майкл Роуп наоборот настаивал на усилении крепления баллонетов с целью предотвращения их разрывов при ударах о выступающие части корпуса дирижабля. Однако желание получить хоть несколько тонн дополнительной подъемной силы было так велико, что его предостережениями пренебрегли. Было решено крепления баллонетов ослабить, а наиболее опасные части «скелета» «R-101» обить войлоком. Это решение и сыграло роковую роль в судьбе дирижабля.
Снизить вес конструкции можно было несколькими способами. В числе прочих мер предлагалось демонтировать два резервуара для водяного балласта, два туалета, дублирующую систему управления и часть кухонного оборудования. Вкупе с уменьшением числа двухместных кают с 28 до 16 это позволяло выиграть около 3 т полезной нагрузки. Ослабление такелажа баллонетов давало еще около 3 т. Таким образом, взлетный вес дирижабля мог быть доведен до 152 т, из которых 42 т приходилось на полезную нагрузку. Теперь «R-101» мог достигнуть Карачи с промежуточной посадкой в Исмаилии (Египет), но обратный полет из-за неизбежного падения подъемной силы в горячем индийском воздухе был невозможен.