Согласно этому порядку рассмотрение заявлений налогоплательщиков о возмещении НДС и принятие по ним решений отнесены к компетенции налоговых органов, которые принимают такие решения по результатам проверки представленной налогоплательщиком налоговой декларации и (при экспортных операциях) приложенных к ней документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ, а также дополнительно истребованных на основании п. 8 ст. 88 настоящего Кодекса документов, подтверждающих в соответствии со ст. 172 НК РФ правомерность применения налоговых вычетов.
Как определено п. 1 ст. 172 НК РФ, налоговые вычеты производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг), имущественных прав, документов, подтверждающих фактическую уплату сумм НДС при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации, документов, подтверждающих уплату сумм НДС, удержанного налоговыми агентами, либо на основании иных документов в случаях, предусмотренных п. 3, 6–8 ст. 171 настоящего Кодекса.
В силу части 1 ст. 4 АПК РФ налогоплательщик может обратиться в суд только в случае нарушения его права на возмещение НДС, то есть когда надлежащее соблюдение им регламентированной главой 21 НК РФ процедуры не обеспечило реализации данного права в административном (внесудебном) порядке по причине неисполнения или ненадлежащего исполнения налоговым органом возложенных на него законом обязанностей.
Под несоблюдением налогоплательщиком установленной НК РФ административной (внесудебной) процедуры возмещения НДС следует понимать не только его непосредственное обращение в суд, минуя налоговый орган, но и представление в налоговый орган вместе с соответствующей налоговой декларацией неполного комплекта документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ.
Кроме того, вышеназванная процедура не может считаться соблюденной налогоплательщиком, если он не выполнил требование налогового органа, предъявленное на основании п. 8 ст. 88 НК РФ, о представлении документов, подтверждающих правомерность применения налоговых вычетов. При этом следует учитывать, что представление документов, имеющих незначительные дефекты формы или содержания, не может рассматриваться как непредставление этих документов. При возникновении спора значительность таких дефектов оценивается судом.
В исключительных случаях суд может признать административную (внесудебную) процедуру возмещения НДС соблюденной, если установит, что правомерно истребованные у налогоплательщика налоговым органом документы представлены налогоплательщиком непосредственно в суд по уважительным причинам (например, по причине изъятия у налогоплательщика соответствующих документов полномочным государственным органом или должностным лицом).
В случае выявления судом факта несоблюдения налогоплательщиком досудебной процедуры (в том числе признания неуважительными причин непредставления налогоплательщиком необходимых документов в налоговый орган) при рассмотрении его заявления о признании незаконным решения налогового органа об отказе в возмещении НДС (бездействия налогового органа) суд отказывает в удовлетворении такого заявления, имея в виду, что законность подобного решения (бездействия) оценивается судом исходя из обстоятельств, существовавших на момент принятия налоговым органом оспариваемого решения (в период бездействия).
Налогоплательщик получит отказ в возмещении НДС и в случае, если он без уважительных причин представит все необходимые документы непосредственно в суд, минуя налоговый орган.
При этом налогоплательщик вправе обратиться (повторно обратиться) в налоговый орган, выполнив надлежащим образом требования главы 21 НК РФ. В случае несогласия с принятым налоговым органом решением налогоплательщик может обжаловать это решение в судебном порядке (п. 2 и 3 постановления Пленума ВАС РФ от 18.12.2007 № 65 «О некоторых процессуальных вопросах, возникающих при рассмотрении арбитражными судами заявлений налогоплательщиков, связанных с защитой права на возмещение налога на добавленную стоимость по операциям, облагаемым названным налогом по ставке 0 процентов», Президиума ВАС РФ от 08.04.2008 № 16109/07 и т. д.).