Суд основывался в своем решении на том, что перечень имущества, относившегося к мобилизационному резерву и подлежавшего в связи с этим льготированию, был утвержден Минэнерго России 22 декабря 2003 года. До этой даты самостоятельное льготирование налогоплательщиком объекта налогообложения повлекло бы последствия в виде начисления налога, взыскания пени и наложения штрафных санкций.
С учетом этого довод представителя налогового органа о том, что о праве на льготу заявитель знал и мог реализовать это право в 2000–2001 годах, подлежал отклонению как несостоятельный.
В соответствии с п. 8 ст. 78 НК РФ заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано налоговому органу в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. Подача такого заявления порождает у налогового органа безусловную обязанность осуществить действия, связанные с его исполнением. Именно эта позиция изложена в определении Конституционного Суда Российской Федерации от 21.06.2001 № 173-О.
В этом же определении Конституционный Суд Российской Федерации указал, что в случае пропуска указанного в п. 8 ст. 78 НК РФ срока налогоплательщик вправе обратиться с заявлением о возврате переплаты в суд.
Однако в данном определении отсутствуют четкие рекомендации по вопросу исчисления срока исковой давности при пропуске срока обращения за возвратом налога непосредственно к налоговому органу. Конституционный Суд Российской Федерации отметил, что решение этого вопроса относится к компетенции арбитражных судов или судов общей юрисдикции.
Определяя единообразие судебно-арбитражной практики по данной проблеме, Президиум ВАС РФ в постановлении от 08.11.2006 № 6219/06 указал, что вопрос о порядке исчисления срока подачи налогоплательщиком в арбитражный суд заявления о возврате излишне уплаченного налога должен решаться применительно к п. 2 ст. 79 НК РФ с учетом того, что такое заявление должно быть подано в течение трех лет со дня, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать о факте излишней уплаты налога.
Суд указал, что днем обнаружения излишней уплаты налога в спорной сумме для заявителя являлась дата утверждения Минэнерго России перечней имущества мобилизационного назначения, то есть 22 декабря 2003 года.
Заявление о возврате переплаты налога было подано в суд 11 сентября 2006 года, то есть в пределах срока исковой давности.
Таким образом, суд признал, что препятствий к возврату требуемой суммы не имелось, и принял решение в пользу налогоплательщика.