Разумеется, свою работу следственная комиссия строила не на разоблачительных публикациях, а на анализе документов и показаниях участников обороны. Ее работа проходила в условиях колоссального, говоря современным языком, информационного давления. Либеральная пресса требовала расправы над «бездарными генералами», обвиняя в их лице весь «царский режим». К чести офицеров-портартурцев надо отметить, что они и здесь не бросили своего командующего. В 1907 году выходит брошюра «Ответ Артурцев господину Ножину», в которой группа офицеров последовательно разбирает несуразности и клеветнические измышления журналиста. Взялся за перо и сам генерал, опубликовавший брошюру «К мои врагам», известную также как «Отповедь генерала Стесселя» (полный текст этого издания приводится в приложении), но эти голоса разума тонули в море разоблачительных публикаций.
Военный суд, рассмотрев представленные материалы следствия, освободил от ответственности генералов Фока, Рейса и Смирнова, признав их невиновными. При этом освобождение от ответственности Смирнова было обставлено довольно унизительным для него образом — суд счел, что обвиняемый не был информирован о происходящем в крепости, а потому и не мог препятствовать ее сдаче.
Обвинения против Стесселя сводились к трем пунктам:
1. Сдал крепость японским войскам, не употребив всех средств к дальнейшей обороне.
2. Бездействие власти.
3. Маловажное нарушение служебных обязанностей
Под «бездействием власти» суд имел в виду то обстоятельство, что Стессель, зная о сочинении и распространении генералом Фоком критических заметок, в которых подвергались критике не подчиненные Фоку офицеры и генералы (главным образом все тот же Смирнов), не принял мер к пресечению этой деятельности. Суд сам счел это обвинение маловажным, так как прекрасно понимал, что командующему осажденной крепостью было чем занять и без цензурных обязанностей.
Под «маловажным нарушением служебных обязанностей» подразумевались действия генерала, противоречащие строгой букве военных уставов и законов. Стессель часто отдавал распоряжения через голову Смирнова, гражданской администрации Порт-Артура и т. д. Суд сам счел этот пункт обвинения маловажным ввиду невозможности строгого соблюдения всех норм закона в условиях осажденной крепости.
Наиболее серьезным был первый пункт. Выше уже говорилось о том, что с военной точки зрения возможности крепости к обороне были исчерпаны и нанести неприятелю серьезный ущерб она не могла. Но с чисто юридической позиции крепость была сдана преждевременно. А вдруг японцы по каким-то причинам не стали бы ее штурмовать? Тогда оборона могла продлиться еще месяц до исчерпания продовольственных запасов.
Следуя букве закона, суд признал Стесселя виновным в преждевременной сдаче крепости и приговорил его к расстрелу. Но тут же обратился к государю с ходатайством о помиловании приговоренного с мотивировкой:
«
Государь император принял предложение суда, Стессель был заключен в крепость, но через год помилован окончательно и освобожден. Примечательно, что Николай II был убежден в полнейшей невиновности генерала к выполнил решение суда лишь из уважения к закону. Все время, когда генерал находился в заключении, его семье выплачивалась пенсия из средств Кабинета Его Императорского Величества.
Не забыли командующего и его офицеры. После вынесения приговора Стесселю приходило множество телеграмм, от участников обороны города, некоторые из которых сохранились в архивах.