Министр внутренних дел, изучив присланный ему проект устава, нашел, что имеются все признаки, позволяющие считать учреждение Института "одной из замаскированных попыток насаждения масонства в России". А поскольку действовать открыто на территории Империи масонство не могло, то и учреждение Французского института не могло быть признано желательным. По данным министра, среди учредителей сплошь да рядом одни масоны: Думер, Леруа-Болье, Фор, Пишон... В итоге Макаров написал, что если министр народного просвещения все же будет настаивать на открытии Института, то необходимо: "Внести в проект устава исправления, которые сводятся к одному - все поставить под строжайший контроль органов. Никаких новых членов Института без согласия русского правительства, никаких изменений в учебных программах, лекциях и рефератах, все командировки к "инородческим народам для изучения их быта" под контролем сотрудников его, Макарова, ведомства, никаких имущественных операций без одобрений русских властей, и ...в случае закрытия Института имущество его поступает в распоряжение одного или нескольких просветительных обществ в России". Особое беспокойство вызвало намерение Института заниматься культурой "инородческих" народов Империи: "Как бы деятельность Института в этом отношении не носила тенденциозного характера"!
Министр народного просвещения брать ответственность на себя не хотел, и решение было вынесено на Совет Министров, но слушание состоялось только 8 марта 1912 года. Совет Министров решил, что должен быть составлен особый устав Института, выработанный РУССКИМ попечительным комитетом и что вообще "вопрос этот требует весьма осторожного к себе отношения, дабы в стремлении к ограждению России от масонской опасности, быть может, в данном деле совершенно отсутствующей, не причинить напрасных стеснений такому бесспорно почтенному по своей идее учреждению, которое возникло по почину выдающихся представителей дружественной нам нации и, как известно, было встречено русским правительством вполне сочувственно".