Летом 1738 года наш герой получает назначение возглавить Уфимскую провинциальную канцелярию. А через несколько месяцев, когда была образована Уфимская провинция, получает и воеводскую должность (продолжая одновременно командовать ландмилицкими полками). Он тесно сближается с начальником Оренбургской экспедиции, видным интеллектуалом, а в прошлом членом «ученой дружины», историком В.Н. Татищевым, причем исследователи называют их единомышленниками. Вместе с Татищевым он совершенствует работу Оренбургской и Башкирской комиссий, пытается навести порядок и в делах местной администрации. Как и Татищев, Аксаков изучает историю края, а также собирает башкирский фольклор, по собственному почину выучил татарский и башкирский языки. Забегая вперед, скажем, что по иронии судьбы их обоих обвинят в злоупотреблении служебными полномочиями.
В 1740 году, когда в Уфимской провинции была заведена должность вице-губернатора, после тщательного отбора кандидатов на этот пост был назначен Аксаков «с производством его в чин бригадира». Этому немало способствовали личные качества соискателя. Современники говорят об остроте ума Петра Дмитриевича (что на языке того времени означало «способность душевная скоро понимать что, проникать во что»), о его изощренном крючкотворстве, а также особом сатирическом складе мышления, так что «даже деловые бумаги его не лишены едкого сарказма». А то, что Аксаков самоуправен, гневлив, дает волю рукам, до мзды охоч и за словом в карман не лезет, так на то он и губернский гроза-начальник!
Не удивительно, что, заступив на должность, Петр Дмитриевич объявил, что «никаких оренбургских командиров знать не хочет» и все решает только сам. Между ним и предводителем Военно-судебной комиссии генерал-лейтенантом Л.Я. Соймоновым сразу же началась перепалка, перешедшая в самую ожесточенную войну, в которой оказались задействованы и слои местного населения. Аксаков старался выставить себя покровителем башкир, будто бы теснимых начальником края. И летели жалобы в Сенат, и шли депутации башкирского народа к Елизавете Петровне, в результате чего вице-губернатор восторжествовал, а «злокозненный» Соймонов был отправлен в отставку.
Новым губернатором был назначен тайный советник И.И. Неплюев, с которым у Аксакова сложились поначалу отношения вполне приятельские. Вместе они подготовили важные проекты по увеличению народонаселения и развитию ремесел в крае, а также в военной области. Однако через некоторое время опять начались взаимные обвинения, вспыхнули столь же яростные ссоры. Причины толкуются исследователями по-разному. Историк В.Н. Витевский корит во всем Аксакова, говорит о его злоупотреблении властью, «полном неуважении к правосудию и закону», растрате казенных средств, что он, дескать «бесцеремонно обирал башкир, брал не только деньгами, но и натурой», и т. д. А современный башкирский исследователь И.Н. Биккулов, напротив, считает, что «талантливый и умный правитель» Аксаков, «пытаясь искоренить злоупотребления и навести порядок в крае, навлек на себя гнев главных командиров». Он ставит в заслугу Аксакову и то, что он собрал ценный исторический материал о Башкирии, ее народе, хозяйстве, который не утратил ценности и сегодня.
Впрочем, документы той поры характеризуют Аксакова как человека «неустрашимого и смелого до дерзости в своих поступках». Что до самих поступков, то, по словам очевидцев, вице-губернатор «всегда неподобными словами ругался и грозил», так что опасались «что мог до смерти убить каким-нибудь случаем». Он «забирал в свою канцелярию невинных и бил их», «держал на гауптвахте приказных служителей». В результате губернатор Неплюев рассудил за благо самую должность вице-губернатора упразднить, «находя ее, судя по поступкам Аксакова, даже вредной». Состоявшийся суд отстранил Петра Дмитриевича от должности, однако тот продолжал жить в поместительном вице-губернаторском доме, исправно получал жалование в размере 600 рублей и разъезжал по Уфе, как положено бригадиру, на шестерике «с гайдуками и скороходами». Он бомбардировал письмами Сенат, а также своих влиятельных друзей в Москве и Петербурге, вопия, что «окружен злодеями, которые покушаются на [его] жизнь».
И вот – свершилось, Аксакова заприметили при дворе. В Уфу пришла гербовая бумага за подписью генерал-фельдмаршала Л. Гессен-Гомбургского о том, что отставленному бригадиру надлежит незамедлительно явиться в Москву, в Правительствующий Сенат для личных объяснений. С изрядной суммой «прогонов и подъемных денег» наш герой въезжает в Белокаменную, что называется, на белом коне, сопровождаемый почетным охранным конвоем, ватагой крепостной дворни, а также поварами и походной кухней. Он был принят самой императрицей и услышал из монарших уст «милостивое слово». В знак расположения к бригадиру Елизавета тут же пригласила его сопровождать ее на богомолье, в Троице-Сергиеву лавру. А вскоре Петру Аксакову было велено остаться при дворе и забавлять императрицу остроумными шутками.