Первые боевые столкновения с танками противника выявили и недостаточное бронирование лобовой части корпуса. В начале 1944 года бронестойкость корпуса пытались повысить, закаливая его на очень высокую твердость, но на практике это привело к резкому увеличению хрупкости корпусных деталей. При обстреле на полигоне танка И С выпуска марта 1944 года из 76-мм пушки ЗИС-З с дистанции 500–600 м его броня проламывалась со всех сторон, причем основная часть бронебойных снарядов за броню не проникала, но вызывала образование больших масс вторичных осколков. Этим фактом во многом объясняются значительные потери танков ИС-85 и ИС-122 в боях зимы — весны 1944 года.
В феврале 1944 года ЦНИИ-48 получил задание на проведение НИР по теме «Исследование бронестойкости корпуса тяжелого танка И С». Проведенная работа показала, что при существующей форме лобовой части корпуса он будет гарантирован от пробития немецкими 75- и 88-мм снарядами лишь в случае применения брони толщиной не менее 145–150 мм (то есть на 20–30 мм больше штатной). По рекомендации ЦНИИ-48 были изменены режимы закалки, а также конструкция лобовой части корпуса. Новый корпус с так называемым спрямленным носом сохранил прежнюю толщину брони. Из лобового листа изъяли люк-пробку механика-водителя, существенно снижавшую его прочность. Сам лист расположили под углом 60° к вертикали, что обеспечило при курсовых углах обстрела ±30° непробитие его из 88-мм немецкой танковой пушки KwK.36 даже при стрельбе в упор. Уязвимым местом оставался нижний лобовой лист, имевший угол наклона 30° к вертикали. Для придания ему большего угла наклона требовалось существенное изменение конструкции отделения управления. Однако учитывая, что вероятность попадания в нижний лобовой лист меньше, чем в другие части корпуса, его решили не трогать.
С целью усиления бронезащиты нижнего лобового листа с 15 июля 1944 года на нем между буксирными крюками начали размещать укладку запасных траков. Уралмашзавод перешел на выпуск бронекорпусов со спрямленным сварным носом в мае 1944 года, а завод № 200 начал выпускать такие же корпуса, но с литым носом с июня 1944 года. Впрочем, некоторое время танки со старыми и новыми корпусами выпускались параллельно, до полного израсходования задела.
Что касается башни, то существенно усилить ее бронезащиту не удалось. Спроектированная под 85-мм пушку, она была статически полностью уравновешена. После установки 122-мм орудия момент неуравновешенности достигал 1000 кг/м. Кроме того, техзадание предполагало увеличение лобовой брони до 130 мм, что привело бы к еще большей неуравновешенности и потребовало бы внедрения нового механизма поворота. Поскольку осуществить эти мероприятия без радикального изменения конструкции башни было нельзя, от них пришлось отказаться. Вместе с тем в процессе производства ее облик существенно изменился. Башни танков первой серии выпуска 1943 года имели узкую амбразуру. После установки пушки Д-25Т, несмотря на то что ее люлька была такой же, как и у Д-5Т, пользоваться телескопическим прицелом стало очень неудобно.
С мая 1944 года начался выпуск башен с расширенной амбразурой, что позволило сместить прицел влево. Была также увеличена бронезащита маск-установки и толщина нижней части бортов. Командирскую башенку сместили влево на 63 мм, перископический прицел ПТ-4-17 изъяли, а на его месте установили прибор наблюдения MK-IV. На командирской башенке появилась зенитная установка крупнокалиберного пулемета ДШК. Вплоть до конца войны башня ИСа никаким другим существенным изменениям не подвергалась.