В октябре 1941 года войска_ Особой труппы были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН). Она состояла из двух мотострелковых полков: четырехбатальонного и трехбатальонного, со специальными подразделениями. К последним относились отряды спецназначения, школа младшего начсостава и специалистов, саперно-подрывная рота, авторота и рота связи. В октябре 1943 года бригада была полностью переориентирована на выполнение спецзаданий командования в тылу врага и переименована в Отдельный отряд особого назначения НКГБ СССР