Следующий вооруженный конфликт, начавшийся в мае 1939 года в районе Халхин-Гола, также не стал неожиданностью для СССР. Уже в начале 1939 года в ИНО НКВД получили сведения об интенсивных работах на железнодорожной линии Харбин — Цицикар — Хайлар и строительстве железнодорожной ветки Ганьчжур — Солон, что в совокупности с поступившими данными о движении японских воинских эшелонов позволяло сделать вывод о намерении командования Квантунской армии вторгнуться в Монголию, с которой у СССР был заключен договор о взаимопомощи. Ценная информация о Квантунской армии была получена и от китайских партизан в Маньчжурии. Взаимодействие разведотделов управлений НКВД по Приморскому и Хабаровскому краям, пограничных войск, 1-й и 2-й отдельных краснознаменных армий с партизанами было налажено весной года, после указания наркома НКВД Л. П. Берии и наркома обороны СССР К. Е. Ворошилова от 15 апреля 1939 года, в котором говорилось:
«В целях наиболее полного использования китайского партизанского движения в Маньчжурии и его дальнейшего организационного укрепления Военным советам 1-й и 2-й ОКА разрешается в случаях обращения руководства китайских партизанских отрядов оказывать партизанам помощь оружием, боеприпасами, продовольствием и медикаментами иностранного происхождения или в обезличенном виде, а также руководить их работой.
Из числа интернированных партизан — проверенных людей — небольшими группами перебрасывать обратно в Маньчжурию в разведывательных целях и [в целях] оказания помощи партизанскому движению...
Начальникам УНКВД Хабаровского и Приморского краев и Читинской области предлагается оказывать Военным советам полное содействие в проводимой работе, в частности в проверке и отборе из числа переходящих со стороны Маньчжурии и интернированных партизан и передаче их Военным советам для использования в разведывательных целях и переброски их обратно в Маньчжурию»[19].
В результате неожиданного нападения у японцев не получилось, а в ходе контрнаступления советской армии 20—31 августа 1939 года японские войска были разбиты. Поражение японских войск вынудило подать в отставку не только командование Квантунской армии, но и находившийся у власти японский кабинет министров, а также осложнило дальнейшее развитие военного союза между Японией, Германией и Италией. Более того, поражение у Халхин-Гола побудило японское руководство приступить к реализации так называемого «южного варианта» стратегического плана военных действий и предложить СССР 7 апреля 1941 года заключить договор о ненападении с условием продажи Советским Союзом Японии Северного Сахалина. Стремление Японии заключить договор было настолько сильным, что ее не остановил категорический отказ Москвы обсуждать данное предложение. И 13 апреля 1941 года переговоры завершились подписанием пакта о нейтралитете. Однако заключение пакта о ненападении не снимало с внешней разведки задачи внимательно отслеживать военные приготовления Японии. По мере продвижения японских войск вглубь Китая перед рядом резидентур ИНО ставились задачи не только по добыванию военно-политической и военно-стратегической информации, но и по содействию в создании на оккупированных территориях партизанских и диверсионных отрядов. Всего же в конце 30-х годов в Китае действовало 12 легальных резидентур: три в собственно Китае (в Чунцине, Ланьчжоу и Шанхае), одна в Маньчжурии (в Харбине) и восемь в Синьцзяне (в Урумчи, Хами, Аксу, Кульдже, Шара-Сумэ, Кашгаре, Чугучаке и Хотане). Кроме того, на случай войны с Японией по указанию Центра были созданы нелегальные резидентуры в Харбине и Шанхае, а в некоторые другие города были направлены нелегалы, снабженные радиопередатчиками.
Правильность этих решений была подтверждена в январе 1939 года, когда с помощью агентуры в белоэмигрантских организациях Маньчжурии было сорвано покушение на Сталина, подготовленное японской военной разведкой. По замыслу начальника 5-го (русского) отдела 2-го (разведывательного) управления японского Генштаба полковника Хидэто Кавамото главную роль в покушении должен был сыграть бежавший в Маньчжурию начальник Дальневосточного УНКВД Генрих Люшков, который во время своей службы в Азово-Черноморском УНКВД сумел найти слабое место в охране Сталина, когда тот отдыхал в Мацесте. Там и предполагалось совершить покушение.