В раннем детстве Врубель был слабым и болезненным ребенком. Из-за сурового ли сибирского климата, или же по иным причинам, но и сам он, и его старшая сестра начали ходить только в три года. И впоследствии, в зрелом возрасте, Врубель производил впечатление не совсем здорового человека. Он был небольшого роста, по телосложению хотя и пропорционален, но очень миниатюрен, не любил физических упражнений.
Мать Врубеля умерла, когда ему было три года. Через четыре года после этого отец женился вторично. Маленький Врубель рос в интеллигентной и уютной обстановке. Отец очень заботился о воспитании детей, сам водил сына в художественную школу, мачеха была пианисткой, в родительском доме было много книг, гравюр, рисунков. Разнообразию впечатлений способствовали и частые переезды, связанные со службой отца. До 12 лет маленький Врубель успел побывать в Омске, Астрахани, Петербурге и Саратове.
О десятилетнем Врубеле есть замечательные воспоминания его сверстницы
Веры Даниловны Александровой, урожденной Мордовцевой, дочери известного писателя. Удивительно ярко описывает она образ Врубеля-мальчика, и этот образ бросает свой свет и на всю личность и творчество художника. «Он был довольно крупный мальчик цветущего вида», рассказывает Мордовцева о первом знакомстве с ним: «у него были светлые, очень густые волосы и темные, полные жизни и огня глаза, большой красивый лоб и поразительно нежный цвет лица, на котором всегда светилась очаровательная улыбка. Светло-голубая шелковая косоворотка еще больше подчеркивала его необычную красоту. Он показался мне красивее всех без исключения, кого я знала. Говоря по правде, мне и после этого не приходилось видеть мальчика с такой привлекательной внешностью». Вера Даниловна Александрова описывает далее всю обстановку дома, рисует портреты родных Врубеля, отца, мачехи, сестры и младшего брата, сына мачехи. Она подробно описывает детские праздники в доме Врубеля, где бывали почти исключительно одни девочки. «Миша был кумиром всех девочек: его наперебой выбирали в пару в «рекрутском наборе», а когда во время игры в фанты он «горел на камешке», говорил: «горю, горю на камешке, кто меня любить, тот меня снимет», – все, толкая друг друга, бросались снимать его. Он был всеобщим любимцем: к нему привлекала не только его красота, жизнерадостность, изобретательность в играх, но особенно то, что в нем совершенно не былой той чисто напускной грубоватости, бахвальства, которым часто отличаются мальчики, в нем же наоборот было что-то мягкое и женственное. Но особенно оригинальны были не эти, многолюдные игры, а игры более личные, в которых принимали участие лишь трое маленьких Врубелей и их ближайшая подруга-Мордовцева. Здесь давались настоящие театральные представления. Не могу не привести рассказа Веры Даниловны Александровой, так как в нем есть очень живые и ценные штрихи для характеристики личности Врубеля: «Игры наши были всегда в высшей степени романтичны и носили на себе яркий отпечаток влияния популярной детской литературы того времени: Купера, Майн-Рида и т. п., но многое в них было, разумеется плодом и нашей собственной, вернее, Мишиной выдумки: его фантазия была неистощима. Главным героем, всех этих приключений на суше и на море, конечно, всегда был Миша. Как сейчас вижу его прелестное, оживленное, горящее вдохновением игры, личико. Вот он с капитанского мостика или вышки, как мы чаще его называли, зычным голосом отдает приказ воображаемым матросам крепить паруса или палить из пушки в приближающийся смерч. Вот он берет на «абордаж» неприятельское (Сашино) судно; вот он отбивает свою увезенную корсарами невесту (меня); вот он вырывает из рук жестокого плантатора несчастную негритянку (Анюту); вот он пробирается по неприступным скалам и страшным обрывам, гоняясь за серной, разоряя гнезда хищного орла или просто желая нарвать букет эдельвейсов. Вышки, мостки, обрывы и скалы, разумеется, изображались нагроможденными друг на друга столами, стульями и пр., и, чтобы лазить на эти сооружения, требовалась известная ловкость, которой Миша обладал вполне. Помню еще одну характерную черту: если Мише когда-нибудь приходилось изображать отрицательные роли, достававшиеся обыкновенно на долю Саши (корсар, разбойник и т. д.), то в Мишиной передаче они теряли всю свою нелицеприятную сущность. Корсар оказывался великодушным и благородным, а разбойник грабил только для того, чтобы награбленное у богатых отдавать неимущим».