Владимир фон Мекк предложил Михаилу Александровичу и Надежде Ивановне провести лето в его имении Киевской губернии. Эта идея несколько взбодрила Врубеля и пришлась очень по душе его жене. Накануне отъезда прихворнул Саввочка, поездку на день отложили, затем втроем с сыном Врубели отправились лечиться покоем блаженных киевских краев. Ссылаясь на воспоминания Забелы, сестра художника пишет: «С радостным чувством въехали они в Киев, где оба делали свои первые шаги на поприще искусства и где были встречены старыми друзьями-художниками С. П. Яремичем, В. Д. Замирайло и Л. М. Ковальским. Но, к сожалению, радость эта была жестоко сменена глубоким горем».
Рассказывает Лев Ковальский:
«Я с приятелем музыкантом Яновским встретили Врубелей на вокзале. Они приехали с маленьким сыном Саввочкой, которого мы видели впервые. Мы сидели в зале II класса перед отъездом в гостиницу; так как Саввочка хотел пить, ему дали зельтерской воды, и Надежда Ивановна, смеясь, сказала, что Саввочка удивительный мальчик, так как он говорит слова редкие. Он не говорит „папа“ и „мама“, но зато слово „опять“ и еще какое-то. Врубель все время сидел очень грустный, и мы как будто не замечали этого, были опечалены и угнетены чувством страха за него. Увезли мы Врубелей в гостиницу. Никто не предчувствовал той драмы, которую рок готовил безжалостной рукой. В этот же вечер Саввочка заболел. Я нашел какого-то доктора, по совету моего знакомого, мы все бегали кто куда попало. Кто за стерилизованным молоком, кто за лекарством, но развязка была близка, и Саввочки к вечеру на другой день не стало. Врубель, до сих пор молчаливый и почти неподвижный, стал много говорить, стал заниматься грустной обязанностью похорон, суетиться».
Местом погребения было выбрано кладбище на киевской Байковой горе. Надежда Ивановна, потеряв сына, будто окаменела, не произносила ни слова.
О дальнейшем в мемуарах Екатерины Ге:
«Михаил Александрович удивительно мужественно вел себя при этом несчастье, он всем распоряжался, ездил хлопотать о том, чтобы похороны устроить поскорее. На вид он был бодр и старался поддержать жену, которая была в отчаянии. Похоронивши своего единственного ребенка, Врубели поехали все-таки в имение фон-Мекка. Там Михаил Александрович начал сильно нервничать, сам требовал, чтобы его скорее везли в лечебницу…» Анна Врубель пишет, что ее брат через неделю категорически заявил:
— Везите меня куда-нибудь, а то я вам наделаю хлопот.
Решили ехать в Ригу, где в городской лечебнице работал знакомый врач, но там доктор Тиллинг убедил сестру художника не волновать больного посещениями и перевезти его в тихое загородное частное заведение, что и было сделано. «Настроение брата продолжало быть глубоко подавленным…»
Михаил Врубель хотел покончить с собой.