В первое время организация взаимодействия авиации и общевойсковых частей наталкивалась на множество проблем. Последний командующий 40-й армией генерал Борис Громов писал в своих мемуарах: «Авиация — мощная сила, но ею необходимо управлять. В каждой колонне находились авиационные наводчики, но они ничего не видели и не знали, откуда ведется огонь.
Поэтому вначале нам приходилось наносить авиационные удары примерно по площадям. Или отдавать все на откуп летчику — если он видел противника, то наносил по нему бомбо-штурмовой удар. Иногда под огонь авиации попадали и свои войска — из-за того, что с большой высоты очень трудно было разобрать, где находятся душманы, а где наши солдаты».
После выполнения этих задач, экипажи фронтовой и армейской авиации приступали к авиационному сопровождению наступающих войск в глубину (хотя отсутствие линии фронта делало это понятие эфемерным, в Афганистане обычно не было четко наблюдаемой линии соприкосновения). Объекты противника (оборудованные огневые точки) поражались по мере их выявления разведкой и по вызову общевойсковых командиров, начиная с батальонного уровня. Вертолеты армейской авиации в период проведения войсковых операций осуществляли высадку тактических десантов, доставляли войскам боеприпасы, продовольствие, эвакуировали раненых и погибших.
Своеобразный характер военных действий потребовал организации постоянной разведки противника. Поэтому из экипажей разведывательных полков Туркестанского военного округа была сформирована 263-я отдельная авиационная эскадрилья тактической разведки, в составе которой имелись специальные самолеты-разведчики МиГ-21 Р, способные действовать в ночных условиях.
В течение одного только 1980 года были выполнены 10860 самолето-вылетов на разведку: вскрывались места сосредоточения и маршруты передвижения партизанских отрядов, наведение на цель ударных групп, контроль результатов ударов и даже нанесение ударов по обнаруженным целям (об этой стороне деятельности разведывательной авиации уже говорилось выше).
С каждым новым месяцем пребывания советских войск в Афганистане напряженность боевых действий постоянно нарастала, прибавляя работы авиации. Так, по данным журнала «Авиация и время» за первый год войны (с января по декабрь 1980 г.) летчики ВВС 40-й армии выполнили 72000 боевых вылетов, нанесли 7810 бомбовых ударов. При этом было израсходовано большое количество боеприпасов: 12639 фугасных авиабомб, 1847 разовых бомбовых кассет, 242 бетонобойные бомбы, 452 зажигательные бомбы, 40 объемно-детонирующих («вакуумных») бомб, 1045 САБ, 258 КМГУ-АО-2,5рт, 634862 неуправляемые ракеты, 33 противотанковые управляемые ракеты, 12480 снарядов калибра 30 мм, 290439 снарядов калибра 23 мм, почти миллион патронов для крупнокалиберных пулеметов.
«На войне, как на войне», поэтому вскоре появились первые боевые потери. 6 июня 1980 года в районе города Газни партизаны сбили из крупнокалиберного пулемета ДШК вертолет Ми-8Т старшего лейтенанта Никифоровича. Еще пять винтокрылых машин были потеряны в результате аварий и неправильной эксплуатации. ВВС 40-й армии за первые двенадцать месяцев войны потеряли 87 человек.
Печальная обязанность доставлять «груз 200» (тела погибших) в Союз, тоже выпала авиации — транспортным самолетам, получившим среди солдат прозвище «черный тюльпан».
Прошел первый год войны. Были подведены итоги боевого применения авиации, подсчитаны потери, определены основные принципы использования самолетов и вертолетов в последующих операциях. Теперь уже никто не сомневался в том, что война будет долгой и кровавой. Надежды на блицкриг окончательно развеялись.
Быстрое совершенствование системы ПВО отрядов моджахедов, широкое распространение переносных зенитноракетных комплексов прибавило головной боли командованию советских ВВС. Партизаны, с помощью иностранных военных инструкторов, постоянно совершенствовали методы борьбы с авиацией, что не позволяло прогнозировать их систему ПВО. Самолеты могли подвергаться обстрелам вблизи аэродромов базирования, на маршруте полета и в районе выполнения боевой задачи на малых и средних высотах.