Граф М. Н. Муравьев вполне оценил самоотверженную деятельность православного духовенства и принял все меры к улучшению его быта. С этою целию он исходатайствовал для духовенства северо-западных губерний 400 тысяч рублей ежегодной прибавки к его жалованию, что весьма значительно увеличило содержание священников, как городских, так и сельских. Первые стали получать до 400 руб. в год, а вторые не менее 220 рубл., между тем как прежде некоторые из них получали по 80 рубл. в год. Затем граф Муравьев обратил внимание на церковные земли, имеющие такое важное значение в жизни сельского духовенства. «До сведения моего дошло, - пишет он в одном циркуляре, - что церковные земли православных причтов, а нередко и самые усадьбы, находятся далеко от церквей, так что священно- и церковнослужители вынуждены бывают ездить туда за несколько верст. Имея в виду, что, кроме неудобства, подобные отводы земель делались с умыслом польскими помещиками во вред Православию, и обращая на это внимание В<ашего>. П<ревосходительства>., покорно прошу немедленно распорядиться по приведении всего вышеизложенного в известность, если по каким-либо причинам не может вся земля быть прирезана близ церквей, то во всяком случае усадьба с некоторым количеством огородов для священно- и церковнослужителей должна быть непременно отведена близ самых храмов»76. Вследствие этого распоряжения земельные угодия православного духовенства значительно улучшились. Наконец граф Муравьев охотно давал средства на улучшение духовных учебных заведений, как мужских, так и женских. Все эти меры не только улучшили материальное положение православного духовенства, но и способствовали подъему его духа.
Заслуги графа М. Н. Муравьева пред Россией по распространению образования в Северо-Западном крае в русском духе поистине громадны.
Никто не будет отрицать, что и до 1863-1865 гг. не было сделано усилий к тому, чтобы дать школе Северо-Западного края русский характер. Об этом думали многие и кое-что было сделано в этом направлении. Но до Муравьева в распоряжении школы не было наиболее сильного средства воздействовать на учащихся в русском смысле. Литовский святитель Иосиф еще в 30 году указывал на это средство. Непременно, писал он, нужно наполнить светские училища одно за другим русскими учителями, а между тем распорядиться, дабы обучающиеся в ведомстве Виленского университета не могли быть учителями, разве продолжая некоторое время учение в русских университетах. Но это глубоко верное замечание по разным причинам осталось в свое время без исполнения, и школа Северо-Западного края, по преобладанию в преподавательском ее составе поляков, оставалась польскою. При М. Н. Муравьеве личный состав преподавателей во всех ученых заведениях края радикально изменился: место поляков заняли в училищах русские. Мера эта, имевшая огромное значение в деле воспитания здешнего юношества, требовала, само собой понятно, притока в школы весьма значительного числа способных, знающих, деятельных и вполне благонадежных кандидатов. И таких кандидатов М. Н. Муравьев нашел достаточное количество. Назначением 50% дополнительного жалованья к получаемым учителями окладам, назначением двойных прогонов и полугодовых окладов для русских преподавателей, вызванных из русских губерний, устранены были затруднения к приисканию новых учителей, и учебный 1864-1865 г. мог начаться при возобновленном чисто русском составе. Вместе с этой капитальной мерой приняты были и другие, направленные к той же цели. Как известно, в первой половине года масса учащихся р<имско>.-католического исповедания с учителями и законоучителями-ксендзами в некоторых местах оставили учебные заведения, чтобы примкнуть к мятежным шайкам. Большинство их не вернулось в учебные заведения, и ряды обучающихся римско-католического исповедания сильно поредели. Ряды эти стали пополняться преимущественно православными, детьми лиц православного исповедания, как прибывших в край на службу, так и местных уроженцев. М. Н. Муравьев со своей стороны горячо желал увеличения количества православных в учебных заведениях и, имея в виду, что многие родители нуждаются в средствах дать воспитание своим детям, в 1864 г. передал в распоряжение попечителя округа 5000 р. для раздачи беднейшим ученикам православного исповедания, обучающимся в гимназиях и уездных училищах округа. С началом 1863-1864 уч. года не только было прекращено преподавание польского языка в русских учебных заведениях, но и Закон Божий р.-кат. исповедания ксендзы обязаны были начать преподавать по-русски. Место исчезнувшего из заведения польского языка занял язык русский, который и стал обыкновенным разговорным языком всех учащихся без различия вероисповеданий. Благодаря этим и другим такого же рода мерам учебные заведения вышли из прежнего фальшивого положения и стали на твердую русскую почву, а православные ученики, усилившиеся теперь в числе, вышли из прежнего страдальческого положения и поднялись нравственно.