Затем Головнин направился далее на юг, намереваясь описать остальные южные острова Курильской гряды, на которых к тому времени обосновались японцы. Он решил подойти к о. Кунашир, на котором находилось селение и безопасная гавань, где намеревался приобрести провиант и дрова, а также пополнить запас пресной воды. Постоянные неблагоприятные ветры и густые туманы не позволили «Диане» подойти к берегу. Более двух недель шлюп лавировал у островов Итуруп, Кунашир и Шикотан. Наконец вечером 4 июля 1811 г. «Диана» подошла к длинной косе, составляющей восточную сторону гавани о. Кунашир, и стала на якорь.
Командир шлюпа надеялся войти в сношения с японцами в крепости на берегу и попытаться за плату получить необходимое продовольствие, запастись питьевой водой и дровами, но японцы избегали русских моряков. Продовольственные припасы они складывали на берегу, а моряки, забирая их, оставляли взамен деньги. На берегу удалось наполнить бочки пресной водой и запастись дровами.
Через неделю после прихода шлюпа к острову по приглашению начальника крепости В.М. Головнин вместе с мичманом Федором Муром, штурманом Андреем Хлебниковым, матросами Симоновым, Макаровым, Шкаевым, Васильевым и переводчиком курильцем Алексеем отправился на переговоры с японскими чиновниками. Офицеры были при саблях, карманный же пистолет штурмана годился более для подачи сигнала, чем для обороны. Другого оружия у В.М. Головнина и его спутников не было, поэтому по приказу начальника крепости, в распоряжении которого находилось несколько сотен вооруженных пиками, саблями и ружьями солдат, японцам удалось вероломно схватить русских моряков.
Пленников перевезли с о. Кунашир в г. Хакодатэ на о. Хоккайдо, а затем в губернский город Мацмай (ныне Фукуяма) и заключили в тюрьму. Головнина посадили в отдельную темную и сырую камеру. Но и в этих условиях Головнин не прекращал внимательно наблюдать за японцами, за их нравами и обычаями. Все, что он наблюдал во время прогулок и узнавал из разговоров с охранниками, Головнин старался запомнить. В этом помогал ему своеобразный «журнал» из ниток, облегчавший ему запоминание. Каждому примечательному событию, о котором Головнину удалось узнать, в этом «журнале» соответствовала нитка определенного цвета. Сами нитки выдергивались из манжет, подкладки мундира или шарфа. Затем нитки сплетались в узелок. Этот «журнал-дневник» помог ему впоследствии написать свое замечательное произведение о пребывании в плену у японцев.
Как впоследствии писал Головнин, японцы были напуганы появлением русского военного корабля у побережья о. Кунашир. Во время переговоров как с офицерами шлюпа, так и с самим Головниным японцы упоминали о деятельности на Сахалине в 1806 и 1807 гг. лейтенанта Николая Александровича Хвостова. Дело в том, что после возвращения в Новоархангельск из Калифорнии в 1806 г. бывший глава посольства в Японии Н.П. Резанов принял важное решение. Он поручил лейтенанту Николаю Александровичу Хвостову, который командовал трехмачтовым торговым судном РАК «Юнона», и лейтенанту Гавриилу Ивановичу Давыдову, командиру восьмипушечного тендера «Авось», выполнение своих планов, связанных с тем, чтобы путем применения военной силы обязать японские власти дать согласие на ведение торговли с Русской Америкой, т. е. сделать то, чего ему не удалось добиться дипломатическим путем.
Н.П. Резанову было известно, что на Сахалине нет русских поселений, хотя остров и считался владением Российской империи. Японцы, воспользовавшись отсутствием на Сахалине русских властей, начали колонизацию его южной части и создали там свои фактории. Они приплывали на летний сезон для ловли рыбы и жили в так называемых летниках – легких жилищах. А ведь еще во время переговоров в Нагасаки в меморандуме японскому правительству Резанов предупреждал, «чтобы японская империя далее северной оконечности острова Матсмая (ныне о. Хоккайдо) отнюдь владений своих не простирала», и грозил в случае «вторичного неуважения» принять «меры, которые в народе будут гибельны и невозвратные произведут потери». Уже 15 февраля 1806 г. в донесении императору Александру I Резанов доложил о своем намерении в будущем году отправиться «к берегам японским» и вытеснить «из Сахалина водворение на нем соседий наших» и прислать в Русскую Америку «колонию пленных» [5, с. 107].
О его замысле позже Г.И. Давыдов писал: «Все заведения их на нем [Cахалине