Молодая вдова и ее любовник стали единолично править страной. Главным методом управления у них были репрессии. Уже 11 декабря, спустя неделю после смерти Василия III, его брат Юрий, князь Дмитровский, был арестован вместе со своими боярами в Москве, куда приехал на похороны брата. Князя Юрия заключили в тот же подвал, где уморили несчастного внука Ивана III – Дмитрия. Юрий провел здесь два с половиной года и умер от голода в августе 1536 года.
Возвышение Овчины сильно огорчило дядю великой княгини Михаила Львовича Глинского, которого Василий III назначил главным опекуном при младенце Иване и который надеялся править от его имени. Однако Елена предпочла фаворита дяде. По ее повелению в августе 1534 года Михаила Глинского схватили, ослепили, заковали в цепи и заключили в ту же темницу, где он находился в 1514–1527 гг. Спустя несколько недель князь умер от голода: по приказу любящей племянницы его не кормили.
Был взят под стражу и сподвижник князя Михаила, боярин Михаил Воронцов. Сразу же после ареста Глинского и Воронцова, их друзья и сторонники, князья Семен Бельский и Иван Ляцкий, опасаясь за свою жизнь, бежали в Литву. Тогда Елена приказала схватить и заточить князя Ивана Бельского, брата Семена, а также князя Ивана Воротынского вместе с их детьми.
Напуганный судьбой старшего брата, князь Андрей Иванович Старицкий решил бежать в Литву. Весной 1537 года он со своей семьей и всем двором отправился в путь. Но дорогу ему преградили московские полки под командованием Ивана Телепнева-Овчины. Не имея достаточных сил для сражения, Андрей понадеялся на обещание Овчины, что Елена опалы на него не наложит, и с повинной поехал в Москву. Увы! Он сразу же оказался за решеткой. При этом его не только заковали в цепи, но и одели на него какую-то «тяжелую шляпу железную». Эта «шляпа» оказалась более смертоносной, чем знаменитая французская «железная маска» времен Людовика XIV. В ней узник прожил менее полугода.