Испытать «Наутилус» предполагалось подо льдом у берегов Лабрадора или в заливе Святого Лаврентия, но переоборудование его затянулось, испытания не состоялись, проведение экспедиции в 1931 г. оказалось под угрозой.
В июне лодка наконец направилась из Провинстауна в Атлантический океан. На десятые сутки плавания вышли из строя механизмы, и «Наутилус» начал дрейфовать. Доставил его на буксире в Ирландию проходивший мимо американский линейный корабль «Вайоминг». Затем лодку отправили для ремонта в Англию, а через месяц, 1 августа, она уже самостоятельно прибыла в норвежский порт Берген и, наконец, в Тромсё, откуда планировалось отправиться к Шпицбергену.
В Бергене к Уилкинсу присоединились X. Свердруп, Ф.-М. Сауль — молодой ученый из вашингтонского института Карнэги, сведущий по части магнитных наблюдений, а также немецкий ученый Б. Филлингер из Фрейберга, имевший опыт работы в полярных областях и способный исполнять обязанности врача и естествоиспытателя. Помимо Губерта Уилкинса, научной группы из трех названных выше сотрудников и радиотелеграфиста на борту «Наутилуса» перед выходом в полярное плавание находилось еще 15 человек команды — 2 офицера и 13 матросов (когда «О-12» входила в состав ВМС США, ее экипаж насчитывал 33 человека).
5 августа 1931 г. провожаемый добрыми напутствиями жителей Тромсё «Наутилус» отправился в свое первое и последнее полярное плавание.
По мере продвижения на север погода ухудшалась и громадные волны стали раскачивать корабль с борта на борт. Кренометр зарегистрировал размах качки в 52°. И сразу же экипаж «Наутилуса» стали преследовать неудачи: периодически выходили из строя то правый, то левый дизель. В результате к поселку Лонгьир в Исфьорде на Шпицбергене корабль подошел на электродвигателях.
Отремонтировав двигатели надводного хода, 18 августа экспедиция взяла курс на север. К вечеру следующего дня показались первые льды. «Мы уже не могли больше держаться своего курса и вынуждены были идти зигзагами», — писал впоследствии X. Свердруп.
Льды делались все сплоченнее, и «Наутилус» стало зажимать. Экипаж начал приготовление к подледному плаванию, производя расчеты и опробуя оборудование. И тут выяснилось: запаса электроэнергии для непрерывного плавания подо льдом на расстояние 125 миль, как планировалось, могло не хватить. Непригодными для использования оказались и ледовые буры. И все же Уилкинс решил не отказываться от попытки погрузиться под лед.
22 августа «Наутилус» остановился в полынье. Раздалась команда «Приготовиться к погружению», как вдруг оказалось, что у подводной лодки отсутствуют кормовые горизонтальные рули. Участники экспедиции решили тогда, что они отвалились во время качки: лодка-то была уже порядком изношена и не плавала с 1925 г.
Позднее появилась еще одна версия. Командир американской атомной подводной лодки «Скейт» Дж. Калверт, вспоминая в своей книге «Подо льдом к полюсу» о встрече с ученым, писал, что тот поведал об одном обстоятельстве, которое долго держал в секрете: он подозревал, что кто-то из команды перед походом, очевидно еще в Бергене, из-за боязни плавания подо льдом к полюсу, подпилил рули, рассчитывая на то, что они сами отвалятся.
Несколько дней «Наутилус» дрейфовал у кромки ледяных полей. Ученые производили различные наблюдения и исследования. 28 августа экспедиция достигла рекордной для того времени широты — 81°59'. Так далеко к северу от Шпицбергена не заходило еще ни одно судно.
Перед Уилкинсом встала дилемма: продолжать плавание или вернуться? После совещания с коллегами было решено провести запланированные океанографические работы и все же попробовать погрузиться под лед.
Первые попытки удачи не принесли: стоило только подвести нос подводной лодки под льдину, как последняя соскальзывала или разламывалась. Наконец маневр удался. Для этого создали дифферент на нос в 7,5° и осторожно подвели переднюю часть лодки под лед. Глубиномер показывал 37 футов (11,28 м) при средней толщине льда в 17 футов (5,18 м). «Наутилус» наполовину оказался подо льдом, который доходил до башни центрального поста управления, а ахтерштевень поднялся вверх, как с иронией писал X. Свердруп, «в знак негодующего протеста против подобного обращения с подводной лодкой!».
Дэненхоуэр «осадил» «Наутилуса», продул цистерны и привел корабль в первоначальное положение».
1 сентября 1931 г., таким образом, впервые в истории была произведена попытка погрузиться на подводной лодке под арктический лед. Это произошло на 82° северной широты, в 500 милях от Северного полюса, при глубине океана 4,2 тыс. м.
Продолжая океанографические исследования, «Наутилус» находился к северу от Шпицбергена до 6 сентября, а затем отправился к архипелагу с заходом в Лонгьир, а оттуда в Берген, куда прибыл 10 октября. В Норвегии команду распустили, а «Наутилус» впоследствии затопили в фьорде: по условиям договора об аренде его надлежало возвратить в США, но буксировка обошлась бы дорого, и американское правительство санкционировало затопление.