Следствие осмотрело книги правления общества Курско-Харьково-Азовской железной дороги, как пишет А. Ф. Кони, «…для определения доходности предприятия в связи с уменьшением расходов на ремонт». Кто ищет нарушения, тот непременно их находит — увеличение чистого дохода магистрали, всячески поощряемое Министерством финансов (вот к чему С. Ю. Витте вспомнил И. А. Вышнеградского), с 1 млн руб. в 1881 году до 5,5 млн руб. в 1887-м достигалось сокращением штата всевозможных дорожных служб, употреблением шлака вместо песка для ремонта насыпи, несвоевременной заменой старых шпал на новые…
23 ноября 1888 года А. Ф. Кони сделал доклад о результатах следствия в высочайшем присутствии. Александр III слушал его с таким напряженным вниманием, какого многоопытный судебный деятель никогда еще в своей жизни не встречал. В глазах императора, «…глубоких и почти трогательных, светилась душа, испуганная в своем доверии к людям, беспомощная против лжи, к которой сама была неспособна». Изложив все обстоятельства дела по порядку, начав с неправильного составления императорского поезда, А. Ф. Кони закончил доклад «…сильной, но вполне правдивой картиной выдачи концессий, хищнических действий правления и того безответственного растления служебного персонала, которое создавалось наглым стремлением к наживе, с одной стороны, и формальным отношением Министерства путей сообщения, с другой, приводившим к бессознательному попустительству»142.
H. H. Изнар, дипломированный инженер-путеец, хорошо знакомый как с порядками на русских железных дорогах, так и с обстоятельствами происшествия, вспоминал: «Все следственное производство, или, вернее, заключительная его часть, на основании которой мог бы быть составлен обвинительный акт, было в моих руках, и я с ним подробно ознакомился. Тяжелое на меня произвело впечатление чтение этих документов. Видно было в каждой строчке желание непременно кого-либо обвинить и притянуть к ответственности, но видно было также, что искали виноватых не там, где их могли бы найти. Все стремление следователей и обвинителей свелось к отысканию виновных среди агентов дороги, технического персонала поезда, но не среди лиц, распоряжавшихся движением поезда совершенно бесконтрольно помимо всего технического персонала»143.
Для H. H. Изнара, как и для С. Ю. Витте, было абсолютно ясно, что непосредственными виновниками крушения и гибели многих людей были придворные лизоблюды. Как было установлено следствием, в момент крушения состава у большинства вагонов поезда новейшие воздушные автоматические тормоза Вестингауза не действовали. Их отключили — императора раздражал звук, который издавали колеса в момент торможения144.
Первоначально обвинение, стремясь выгородить высокое начальство из придворного и путейского ведомств, выдвинуло версию гнилых шпал, которые якобы послужили главной причиной страшной катастрофы. Однако, как на грех, на том самом участке дороги, где случилась трагедия, как раз накануне производилась сплошная смена шпал. Тогда была назначена ученая экспертиза: при помощи приборов профессора определяли, какое нужно усилие, чтобы вырвать забитый в шпалу металлический костыль. «После этого такой же костыль забивался в кусок отборной рудовой сосны, и опять производился опыт на выдергивание. При этом, конечно, получалось, что сопротивление костыля, забитого в рудовую сосну, чуть ли не в полтора раза больше костыля, забитого в обыкновенную шпалу, какие укладываются с самого начала постройки у нас железных дорог. Отсюда делался вывод, что крушение могло не произойти, если бы шпалы были из рудовой сосны»145.
По личному повелению императора дело было оставлено без последствий. Никто не понес наказания, но адмиралу К. Н. Посьету пришлось уйти в отставку. Его преемником стал военный инженер генерал-лейтенант Герман Егорович Паукер, профессор нескольких учебных заведений по кафедре строительного искусства и механики. Новый министр путей сообщения был большим приятелем И. А. Вышнеградского и во многом походил на него. Прежде всего он был стойким приверженцем порядка, организованности и дисциплины. Как-то раз ему прислали для утверждения проект стропил, предназначавшихся для перекрытия харьковских железнодорожных мастерских. Министр объявил, что теоретическое основание расчетов неверно, и прямо на заседании совета министерства сам принялся рассчитывать стропила.
Г. Е. Паукер полностью поддержал давно вынашиваемое И. А. Вышнеградским предложение о передаче всего тарифного дела в ведение Министерства финансов. При нем создавался специальный Железнодорожный департамент.
Император Александр III, по-видимому, движимый чувством вины за содеянное, предложил назначить главой департамента единственного, кто прилюдно заявлял несогласие с самоуправством высоких придворных чинов — управляющего дорогами Юго-Западного общества, титулярного советника С. Ю. Витте.