Деятели либерального «Союза союзов», среди которых были Л. Ф. Пантелеев и Ф. И. Родичев, в ночь на 19 октября нанесли визит премьеру единственно для того, чтобы предложить немедленное осуществление политической амнистии. С. Ю. Витте и тогда, и после был вполне доступен. Он принял делегацию у себя дома на Каменноостровском проспекте около 12 часов ночи. Выйдя к присутствующим прямо в халате и не дав им изложить цель своего визита, премьер пустился в разговор на тему, более всего его волновавшую, — об общем положении, «…а больше всего о разнузданности и анархии, которые царят в Петербурге». Визитерам он, отчеканивая каждое слово, сказал: «Могу вас уверить, господа, что… государь разрешил вопрос о форме правления для себя и для народа бесповоротно. Отныне самодержавия в России нет и больше не будет»19. Л. Ф. Пантелеев прервал поток словоизвержения С. Ю. Витте, напомнив ему, что они пришли к нему с конкретным предложением о всеобщей и полной амнистии. По поводу амнистии С. Ю. Витте почему-то не сказал ничего определенного, хотя все уже было фактически решено.
Совещание о даровании политической амнистии состоялось уже вечером 17 октября у петербургского генерал-губернатора Д. Ф. Трепова. Среди участников, помимо чинов Министерства внутренних дел, были И. Г. Щегловитов от Министерства юстиции, министр земледелия А. С. Ермолов и министр финансов В. Н. Коковцов, участвовавший в нем по личному повелению императора. О том, что происходило на совещании, известно в пересказе В. Н. Коковцова.
Проект указа об амнистии был наспех составлен в Министерстве юстиции и не понравился председателю Комитета министров своей трафаретностью. Следовало бы, по мнению С. Ю. Витте, дать понять всем тем, кто подвергался преследованию по политическим мотивам, что старой России более нет, а есть новая. Эта новая Россия — В. Н. Коковцову запомнились слова С. Ю. Витте — «…приобщает к новой жизни и зовет всех строить новую, светлую жизнь»20.
В совещании на квартире у Д. Ф. Трепова разгорелись дебаты о том, насколько та широкая амнистия, которую предлагал председатель Комитета министров, соответствует переживаемому моменту. Большая часть участников опасалась, что выпущенные из тюрем политические преступники тотчас же примкнут к революционному движению, и призывала к осторожности. Когда к мнению благоразумного большинства присоединился В. Н. Коковцов, С. Ю. Витте не сдержался: «Придавая своему голосу совершенно искусственную сдержанность, он положительно выходил из себя, тяжело дышал, как-то мучительно хрипел, стучал кулаком по столу, подыскивал наиболее язвительные выражения, чтобы уколоть меня, и, наконец, бросил мне прямо в лицо такую фразу, которая ясно сохранилась в моей памяти: „С такими идеями, которые проповедует господин министр финансов, можно управлять разве что зулусами, и я предложу Его Величеству остановить его выбор на нем для замещения должности председателя Совета министров, а если этот крест выпадет на мою долю, то попрошу Государя избавить меня от сотрудничества подобных деятелей“»21.
Указ 21 октября об амнистии стачечникам и политическим эмигрантам оппозиция расценила не как жест доброй воли, а как признак слабости правительственной власти, как намерение отсидеться в тихой гавани, пока пройдет революционный шторм, а затем вернуться к прежним методам управления. Тем более что в ближайшие дни правительство выпустило несколько обращений к населению, в которых увещевания перемежались с угрозами применения силы. Угрозы эти, однако, трудно было подкрепить действиями даже строго в рамках действующих законов. Общая растерянность, разноречивые толкования Манифеста и непонимание сути и задач правительственной политики привели к тому, что «силовые структуры» (прежде всего полиция и жандармерия) свернули всякую деятельность. На службу полицейские и жандармы приходили как обычно, но занимались не привычными делами, а обсуждением слухов22. Некоторые офицеры жандармских управлений дошли до того, что принялись за уничтожение «дознаний» по политическим преступлениям. Правительству требовалось срочно восстановить и укрепить аппарат власти на местах, навести порядок в карательно-репрессивных органах. Наконец, и это было для С. Ю. Витте самым главным, необходимо было ввести политический процесс в нормальные, то есть законные, рамки. Этим «обновленное» правительство в основном занималось в первые недели своей работы.
Именной высочайший указ Правительствующему сенату «О мерах к укреплению единства в деятельности Министерств и Главных управлений» был опубликован 19 октября 1905 года23. Он возвестил о больших переменах в системе управления страной — Совет министров стал постоянно действующим органом с особым председателем.