Комитет министров рассматривал дела по всеподданнейшим прошениям, если просители ходатайствовали о допущении в свою пользу изъятий из действующих законов. Однажды Министерство внутренних дел выступило с ходатайством о том, чтобы капитал, образовавшийся путем отчислений из сборов за представления оперы А. П. Бородина «Князь Игорь», из собственности Военно-медицинской академии, профессором которой состоял покойный композитор, был передан в собственность Санкт-Петербургского отделения Императорского русского музыкального общества. Всесторонне обсудив важную проблему, Комитет постановил: признать допустимым, чтобы капитал был передан в Санкт-Петербургское отделение Императорского русского музыкального общества, «…обратив оный на помощь лицам, посвятившим себя музыкальному искусству, столь близкому покойному композитору… В суждениях по сему делу было обращено внимание на то, что означенное имущество по свойствам своим никакого отношения к службе Бородина при академии иметь не может, так как заключается исключительно в музыкальном произведении умершего композитора, состоявшего притом, помимо службы в академии, одним из директоров Императорского русского музыкального общества». Мнение Комитета министров было высочайше утверждено 17 декабря 1899 года 3.
Комитет министров регулировал прохождение губернаторских и генерал-губернаторских всеподданнейших отчетов. Рукописи отчетов в типографии Комитета печатали, затем направляли императору. После высочайшего рассмотрения отчеты возвращались обратно и, в случае обнаружения в них отметок царской руки, поступали в Комитет министров. Он, по сути, контролировал исполнение высочайшей воли — заслушивал объяснения подлежащих должностных лиц, обсуждал их, по результатам обсуждения составлял специальный журнал и представлял его императору на утверждение. Именно таким путем была, в частности, преобразована западносибирская ссылка.
В одном из годовых отчетов томского губернатора было высказано соображение о том, что прекращение ссылки составляет одно из коренных условий «возрождения и процветания Сибири», которая уже объединяется с империей железной дорогой и начинает жить с нею одной жизнью. На отчет была наложена резолюция Александра III следующего содержания: «Давно пора избавить Сибирь от наводнения ее всеми отбросами Европейской России».
Отметки императора Александра III на губернаторских отчетах были довольно редкими, зато его сын любил украшать поля читаемых документов разного рода сентенциями. Благодаря резолюции Николая II была создана печально знаменитая фабричная полиция. В 1897 году владимирский губернатор предложил учредить на фабриках и заводах специальную полицию для обуздания неспокойного фабричного люда. Николай II немедленно ухватился за эту идею: «Что сделано в этом смысле? Скорейшее создание такой полиции настоятельно необходимо». Закон 1 февраля 1899 года постановил: ввести для усиления надзора «за населением фабрик, заводов и промыслов особые должности полицейских надзирателей» 4. Так что с воцарением императора Николая II работы у Комитета прибавилось.
Комитет министров занимался и некоторыми чисто политическими вопросами, например введением в той или иной местности усиленной охраны. С его подачи для обеспечения должного порядка в Москве на время «священного коронования их императорских величеств» московский генерал-губернатор великий князь Сергей Александрович получил временные особые полномочия для удаления в административном порядке из Первопрестольной «неблагонадежных и особо порочных лиц» 5.
Исключительной обязанностью Комитета являлось составление проектов всемилостивейших манифестов по случаю бракосочетания императора и его коронации. Он ведал массой разнообразнейших вопросов, касающихся лесного, горного, местного, городского хозяйства, торгового мореплавания и судоходства; давал разрешение городам на заключение облигационных займов, земствам — на получение ссуд для удовлетворения потребностей нуждающегося населения; назначал повышенные пенсии и пособия; запрещал книги; увольнял и принимал в русское подданство; устраивал быт сельского и инородческого населения и т. д. и т. п. Для того чтобы барон Г. Е. Гинцбург в 1898 году смог устроить в собственном имении Дженан-Абад Бессарабской губернии поселение соплеменников-евреев для занятия ими земледелием, потребовалось специальное разрешение Комитета министров 6.
С приходом С. Ю. Витте работа в Комитете забурлила. Текущие мелочи управления нового председателя совершенно не интересовали. Его занимали крупные политические вопросы, и он постоянно спрашивал мнение по ним своих подчиненных. Решительный противник всяких общих рассуждений и трафаретных мыслей, С. Ю. Витте на заседаниях Комитета не стеснялся обрывать и министров: «Такие речи, ваше превосходительство, хорошо произносить в Петербурге и во дворцах, а в России они встречают совершенно другой отклик» 7. Действительно, обстановка в стране шла от плохого к худшему, особенно после начала злополучной Русско-японской войны.