Многочисленные статьи и выступления Тимирязева о Дарвине и дарвинизме были хорошо известны Вильямсу еще в реальном училище. А в 1883 году — в год поступления в Петровскую академию — Вильямс прочел только что опубликованную книгу Тимирязева «Чарльз Дарвин и его учение» [4]. В этой книге Тимирязев, по словам Вильямса, «дал глубоко научное и вместе с тем популярное изложение дарвинизма». Книга Тимирязева о Дарвине в дополнение к его лекциям дала молодому Вильямсу яркое представление о передовой биологической теории и сделала его на всю жизнь стойким борцом за дарвинизм, за все новое, передовое и революционное в биологической науке.
Пропаганда дарвинизма в новой книге Тимирязева вызвала новую волну нападок на ученого со стороны реакции. Один из представителей этой реакции, Юнге, день ото дня усиливал травлю Тимирязева и вместе с тем вводил все новые и новые меры, направленные на «обуздание» непокорного студенчества.
По настоянию министерства директорская власть в Академии была резко усилена за счет умаления прав Совета Академии. Директору показалось мало того, что в Академии для надзора за студентами была специальная должность экзекутора, занимавшаяся отставным штабс-капитаном Макиевским-Зубок. Юнге настоял на назначении еще двух помощников экзекутора, на обязанности которых лежали прямые полицейские охранные функции. Эти лица должны были «не только знать каждого из студентов в лицо и по фамилии, но, по возможности, должны стараться узнать характер и наклонности каждого из них, а также кто имеет средства к существованию, как проводит время и в каком обществе вращается» (из официальной инструкции).
Один из прогрессивных деятелей в области русского сельского хозяйства, редактор популярного агрономического журнала «Хозяин» А. П. Мертваго, дал ядовитое объяснение назначению Юнге на пост директора Петровки: «Петровская академия всегда была бельмом на глазу у русского правительства, а потому туда и был послан окулист, чтобы это бельмо убрать».
Однако, несмотря на все свое верноподданническое усердие, Юнге не смог истребить тот прогрессивный, демократический дух, которым славилась Петровская академия.
Это, конечно, не значит, что все профессора и все студенты Академии были настроены прогрессивно.
С первых же дней пребывания в Академии Вильямсу пришлось слушать лекции по зоологии профессора К. Э. Линдемана. Этот профессор был довольно крупным специалистом и имел немалые заслуги в деле борьбы с сельскохозяйственными вредителями, но политически он был реакционной фигурой. Почти на каждом заседании Совета он предлагал различные меры, ограничивавшие свободу студентов. Он заявил на одном из заседаний Совета Академии: «Для спасения Академии правительство обязано вмешаться и закрыть Совет». Протоколы заседаний Совета сохранили следы горячей борьбы ряда профессоров Академии, и прежде всего Тимирязева, с реакционными выступлениями Линдемана.
Особенно показательным было столкновение Тимирязева с Линдеманом в связи с открытием памятника Пушкину в Москве. По предложению Тимирязева и других профессоров, намеченные на этот день экзамены были перенесены на другое число, чтобы студенты могли принять участие в этом русском национальном торжестве. Линдеман возражал против переноса экзаменов, заявив, что «интересы студентов в таком важном для них деле, как экзамены, принесены были в жертву совершенно постороннему делу, скорее имеющему значение удовольствия».
Выступив с горячей отповедью, Тимирязев сказал: «Было бы комично пускаться здесь в рассуждения о значении пушкинского праздника… я полагаю, что чувства г. Линдемана не могут считаться обязательными для каждого русского человека, и специальное мировоззрение профессора зоологии не может считаться обязательным для каждого вообще образованного человека. Я полагаю, что поступил так, как поступил бы каждый грамотный русский человек, который имел бы на то возможность… Если бы я поступил иначе, то, быть может, подвергся бы еще более красноречивому обвинению: меня укоряли бы, что вследствие жалкого формализма я лишил студентов возможности участвовать в национальном торжестве».
Расслоение существовало и среди профессоров Академии и среди студентов. В Академии учились не только бедняки-разночинцы, тяжелым трудом прокладывавшие себе путь в науку, но и значительное число «белоподкладочников»: помещичьи сынки, дети крупных чиновников и высшего офицерства, носившие обычно франтоватые мундиры на белой подкладке. Эти «белоподкладочники» шли в Академию для того, чтобы им было потом легче вести свое помещичье хозяйство. Их мало интересовали агрономические науки. Об их отношении к Академии можно было судить по анонимной статье одного из них в газете «Неделя» начала девяностых годов. Профессор Академии А. Ф. Фортунатов так изложил суть этой статьи: