В день Октябрьского переворота, когда власть была взята рабочими и крестьянами, Анненков, командовавший казачьим отрядом в тылу противника, в Пинских болотах, немедленно встал на сторону контрреволюции. Сохранив свой фронтовой казачий отряд как боевую единицу, он к началу 1918 года довел его полностью вооруженным до Омска.
В Омске Совет казачьих депутатов предложил Анненкову разоружиться; отказ последнего поставил его вне закона.
С этого момента, указывается в обвинительном заключении, началась активная борьба Анненкова против Советской власти.
Прежде всего он совершил налет на войсковой казачий собор в Омске и похитил хранившиеся там знамена Ермака и войсковое казачье знамя. После этого он объявил прием добровольцев в свой отряд. Стремясь организовать поход для свержения Советской власти в Омске и на Урале, Анненков вступил в тесный контакт с белочехами, обещавшими ему помощь. После контрреволюционного переворота в Омске отряд Анненкова ;вел боевые действия против Красной Армии, но успехов не имел и в дальнейшем использовался омским правительством, а затем Колчаком для карательных целей. Уже здесь, на Урале, Анненков и его каратели действовали столь жестоко, что даже член Омского правительства Колчака Гинс в своей книге «Сибирь, союзники и Колчак» вынужден был осудить действия отряда Анненкова, указав, что беспощадная расправа со всеми, кто отрекался от монархизма, ускорила победу большевиков: рабочие быстро перешли на их сторону.
Наиболее активные действия отряда Анненкова развернулись в Славгородском уезде Омской области, в Семипалатинской губернии и Семиреченском крае.
В сентябре 1918 года Анненков, получив распоряжение военного министра Омского правительства Иванова-Ринова «немедленно очистить от большевистских банд город Славгород и уезд», жестоко расправился с вспыхнувшим там восстанием крестьян. Всех арестованных делегатов крестьянского съезда Анненков приказал изрубить на площади против Народного дома и закопать здесь же в яму. Истязания и расстрел всех заподозренных продолжались и в последующие дни. Только в первый день было убито и замучено 500 человек.
Смертельным ураганом промчались по уезду анненковцы, оставляя всюду кровавый след. В селах проводилась поголовная порка. Бежавших догоняли и рубили. Степь была усеяна трупами обезглавленных крестьян. Деревня Черный Дол, где во время восстания находился штаб большевиков, была сожжена дотла. Крестьян этой деревни, их жен и даже детей истязали и вешали. Девушек насиловали и тут же расстреливали. Восстановив институт старшин и старост, Анненков объявил мобилизацию в белую армию, обложил крестьян контрибуцией, угрожая за неповиновение расстрелять каждого пятого жителя.
За это Анненкову было разрешено сформировать добровольческую дивизию с присвоением ей «имени самого боевого и самого дисциплинированного защитника престола и Родины», т. е. Анненкова.
С приходом анненковского отряда в Семипалатинск жизнь города, как и в Славгороде, была парализована.
Материалы дела свидетельствуют, что достаточно было малейшего намека на недовольство, чтобы высказавший его подвергался кровавой расправе. В период стоянки штаба Анненкова на железнодорожной станции Семипалатинск в специально приспособленный для пыток арестантский вагон ежедневно приводились граждане (как правило, рабочие), которые, как только темнело, выводились в одном белье за станцию в пески или на лед Иртыша и там расстреливались.
Именно так были уничтожены 28 членов Усть-Каменогорского Совета, которые после ареста, произведенного по личному указанию Анненкова, длительное время избивались шомполами и нагайками, а затем были выведены на берег реки, расстреляны и порублены шашками; тела их были брошены в прорубь.
Каждое аяненковское формирование имело штандарт с девизом «С нами бог» и эмблему — человеческий череп с двумя перекрещенными человеческими костями. К девизу «С нами бог» бандиты добавляли «и Анненков». Такие надписи пестрели на стенах домов и вагонов, где располагались анневковцы. «С нами бог и атаман Анненков», — с гиком кричали анненковские бандиты, налетая на деревни и врываясь на улицы городов.
Следствию не удалось точно установить число погибших жителей Семипалатинска, Усть-Каменогорска и других городов и сел. Жертвы исчислялись тысячами. Анненков позволял расстреливать людей, сочувствующих большевикам, «каждому офицеру и добровольцу, как сознательно жертвующим своей жизнью за Родину». Мало того, предчувствуя, что наступают последние дни пребывания в Семипалатинске, Анненков в ноябре 1918 года за две недели до отступления из города отдал распоряжение расправляться без суда и следствия на месте с теми, кто посмеет оскорбить солдат и офицеров его отряда «хотя бы даже взглядом». И расправлялись.