Академия размещалась в двух зданиях по Большому Трубецкому переулку, выходящему на Большую Пироговскую улицу. В одном здании находились командование, отдел политической пропаганды, кафедры, учебный и научно-исследовательские отделы, лекционные аудитории и учебные классы, библиотека, спортзал. В другом — общежитие для слушателей, поликлиника, столовая, детский сад. Татьяне Романовне большая светлая комната, кухня, ванная комната и все остальное показались раем. За десять лет совместной жизни Ватутины еще не жили в таких прекрасных условиях. Радовались дети. Да и Николай Федорович не скрывал своего удовлетворения. Он уже не мог дождаться дня начала занятий.
Следует отметить, что 138 командиров первого набора были действительно лучшими из лучших. Вместе с Ватутиным слушателями академии стали: комбриги Л.А. Говоров, П.А. Курочкин, Г.К. Маландин; полковники А.И. Антонов, И.Х. Баграмян, A.М. Василевский, А.И. Гастилович, В.Д. Грендаль, М.В. Захаров, B.В. Курасов, А.П. Покровский, К.Ф. Скоробогаткин, А.В. Сухомлин, С.Г. Трофименко, Н.И. Четвериков, А.И. Шимонаев; майоры М.И. Казаков, Л.М. Сандалов. Почти все они через несколько лет, в годину суровых испытаний, будут командовать армиями, фронтами, руководить крупнейшими штабами, станут прославленными военачальниками.
Многие слушатели знали друг друга по совместной службе, учебе в академиях, и у них очень быстро сложился дружный коллектив. Слушателей и преподавателей переодели в специальную форму одежды. На кителях и шинелях — черные бархатные воротники с белой окантовкой, фуражки с малиновым околышем, на брюках — малиновые лампасы с белым кантом. Татьяна Романовна, когда увидела мужа в новой форме, только всплеснула руками...
1 ноября 1936 года состоялось открытие академии. На торжественный акт прибыл начальник Генерального штаба РККА Маршал Советского Союза Егоров, некоторые руководители Наркомата обороны, представители других академий, общественности столицы. Торжественное собрание открыл комдив Д.А. Кучинский, он предоставил слово начальнику Генерального штаба. На трибуну поднялся Александр Иванович Егоров. Он говорил о сложной международной обстановке, задачах, которые ставят партия и правительство перед академией, призвал преподавателей и слушателей к упорной, напряженной и творческой работе. Потом с поздравлениями выступили представители других академий, военных округов, жены комсостава. В ответном слове Кучинский поблагодарил всех и обещал выполнить наказ партии.
5 ноября 1936 года на торжественном собрании академии было вручено Боевое Красное знамя и грамота ЦИК СССР.
Сразу после октябрьских праздников начались занятия. Учитывая теоретические знания и большой практический опыт слушателей, основной упор делался на самостоятельную подготовку.
Учебный год разбивался на три семестра. В первом главное внимание уделялось изучению вооружения и боевой техники, способов их применения дивизией, корпусом. Слушатели в группах по 15 человек сразу после курса лекций приступили к практической отработке на картах боевых действий стрелковых, механизированных, кавалерийских корпусов в различных видах и фазах сражения. Обучаемые решали задачи, попеременно меняясь в должностях командиров и начальников штабов дивизий, корпусов. Особое внимание уделялось вопросам взаимодействия с другими родами войск и частями обеспечения и обслуживания. Изучались полевые уставы, тактика и вооружение иностранных армий.
Обучение в Академии Генерального штаба для Ватутина стало вершиной непрерывного образовательного цикла, который он продолжал уже самостоятельно до последних дней жизни. Николай Федорович сам впоследствии признавался, что учился легко, с огромным желанием. Привычка учиться, постоянное недовольство собой, высокоразвитое чувство самокритичности позволили ему, особенно потом, на высших должностях, избежать таких типичных даже для талантливых людей ошибок, как самоуспокоенность и вера в свою непогрешимость.
Первый семестр закончился 4 февраля, и слушатели получили десятисуточный отпуск. Ватутины решили провести его в Москве. Николай Федорович, обычно работавший по двенадцать часов, позволил наконец дать себе передышку, походить с детьми по Москве, просто поиграть с ними. Кроме того, не хотелось прерывать курс лечения, который начал проходить Витя. Татьяна Романовна подозревала, что муж не выдержит и засядет за учебники, но Николай Федорович дал обещание и сдержал его. Сам сводил детей в Третьяковку, Пушкинский музей, на Сельскохозяйственную выставку, не раз подолгу гулял с ними на Красной площади. Вечерами ездил с дочерью на каток, пересмотрел с ребятами все немногочисленные в то время кинофильмы. Одним словом, отдохнули хорошо.